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近年來一連串液蛋食品安全問題引發社會關注，為此衛生福利部食品藥物管理署擬訂的《液蛋製品製造業者良好衛生作業指引》草案日前出爐，強調破蛋不能作液蛋，原料蛋需洗淨、風乾才能進入打蛋等程序。不少業者憂心忡忡擔憂沒有相關清洗設備，未來該如何符合標準？地方衛生首長也指出，目前臺灣液蛋主要來源以小型蛋商、採純手工打蛋的形式居多，食藥署應試著針對不同規模業者建立更細緻的指引，否則小型業者一旦走入地下化，未來將更難稽查。
臺灣接連爆發戴奧辛雞蛋、破殼蛋作液蛋等食安事件，食藥署原公告17類食品業者須定期自主檢驗、提交食品安全監測計畫，今再擴大納入16類食品，須自主檢驗的食品業者新增7209家，蛋製品也列入其中，不過強制檢驗項目仍是以往常驗的動物用藥、重金屬殘留等等，並未要求檢驗裂殼、破殼蛋品質。新規定10月1日上路，違反最高可罰300萬臺幣。
去年臺灣爆發雞蛋中驗出不得檢出的農藥芬普尼，引發民眾恐慌，來源至今無法得知，但行政院農委會和衛生福利部食品藥物管理署發現，臺灣進口的飼料本就殘留芬普尼，動物吃進去後可能有部分殘留，不得檢出的標準過於嚴苛，忽略了飼料背景值，因此考量人體健康風險和產業實際需求後，今天公告新增芬普尼在禽蛋中的容許殘留量標準0.01ppm，6月29日生效。
其餘兩項附帶決議也只是提醒業者，若國際上還沒有此項農藥標準，或者臺灣標準比國際高，藥商得要提出相關數據，說明為什麼要開放這項農藥，政府再會用科學精神評估，「不會因為不符合這三項決議就禁止新藥」。
依據行政院農業委員會核准使用農藥藥劑三氟派瑞在茶類作物，衛生福利部在106年3月15日發布增訂農藥氟派瑞於茶類的殘留容許量6 ppm所生之爭議，衛福部於106年3月30日預告刪除該容許量。
國內雞蛋首次檢出戴奧辛超標異常，臺大醫學院毒理學研究所副教授姜至剛表示，若以這次超標的戴奧辛量5.2皮克/克 脂肪推估，國人若每天吃5顆以上，會超過世界衛生組織（WHO）評估的戴奧辛每日容許量
近日國內1件雞蛋檢出戴奧辛異常偏高，農委會昨（21日）下鄉採集雞蛋與飼料檢體，預計下週五檢驗結果出爐，並宣布對上游彰化縣3家可疑蛋雞場的雞隻和雞蛋實施7天移動管制
國內雞蛋首度檢出戴奧辛超標異常，衛福部食藥署確認檢出1件雞蛋的戴奧辛含量為5.2皮克/克 脂肪，超出戴奧辛管制限值2.5皮克/克 脂肪，異常偏高。
