蘇花改通車3年，農委會特有生物中心在此處長達11年的調查與監測發現，蘇花改工程對當地棲地環境與野生動物的影響並不顯著，且在營運通車後多數生物族群數量已逐漸回復，當地路殺現象也低於一般道路，特生中心認為，蘇花改85%使用隧道及涵洞，有效減少道路建設對棲地的破壞，對野生動物生存環境的維護很有幫助。
特生中心並公開在道路旁野生動物活動其中的日常影片，背景音有明顯車聲，但動物已然習慣，影像拍到獼猴、山羌、食蟹獴、黃喉貂、臺灣野山羊、白鼻心、鼬獾、穿山甲、麝香貓等等，很多都是母帶子，或是父帶子覓食的影像，年輕動物比例不少，顯示族群相當健康。
特生中心受交通部公路總局委託，執行「台9線蘇花公路山區改善計畫施工中暨營運階段指標生物研究計畫」，特生中心主任秘書鄭錫奇表示，重大工程施作時會對原棲地造成干擾及破壞，最嚴重的就是棲地破碎化，影響當地生物的生存，動物為了移動需要而橫越道路，路殺的機會就會增加，所幸蘇花改的工程主要以橋梁及隧道為主，減少對動物移動的障礙，工程施作也沒有大量破壞環境棲地的情形。
鄭錫奇指出，工程完工後營運通車，特生中心繼續監測3年內的脊椎動物路殺情形，108年路殺3筆、109年19筆、110年41筆，雖然數量逐年增加，但比起其他國道路殺情形減少很多，109年4月至110年7月期間各國道路殺資料有2萬筆之多。特生中心助理研究員張簡琳玟表示，比較常見的路殺有鳥類及家貓，鳥類的路殺會發生在隧道口，可能因為圍籬高度不足或是漏洞，汽車高速進入隧道的氣流把鳥類吸進隧道，再遭遇車禍而亡。
蘇花改通車後，特生中心團隊針對道路燈光對野生動物的影響進行研究，在高、中、低燈光區對蜘蛛進行監測，鄭錫奇說，蜘蛛會接近道路結網所以被選為研究對象，不同的光度對照全暗區，種類及數量是否會受到通車及燈光的影響，監測結果發現，蜘蛛相在高、中、低燈光樣區的數量及物種皆逐步上升，且趨勢穩定，顯示營運通車對當地蜘蛛的多樣性影響不明顯。
特生中心的研究計畫中，選定12種指標物種進行研究，包括臺灣野山羊（原名為長鬃山羊）、翼手目（蝙蝠）、猛禽、環頸雉、兩棲爬蟲類、洄游性物種、澤蟹等。鄭錫奇表示，長期調查監測發現指標物種在蘇花改工程進行時，族群數量減少，但蘇花改工程完工後，族群數量慢慢回復，可以說蘇花改這項道路建設對於當地野生動物沒有顯著影響。
鄭錫奇舉例，以超音波監測山家蝠、東亞家蝠，觀察11年來長期趨勢確認族群數量上升，臺灣野山羊也是相同趨勢，族群活動在蘇花改施工期間減少，工程完工干擾減少，族群逐漸恢復，他很高興蘇花改工程讓特生中心有機會可以長期調查特定區域的野生動植物的族群變化，未來政府如果有重大工程進行或棲地開發，應該建立短中長期的調查計畫，有調查有監測、工程兼顧生態及環境，比較容易獲得民眾的支持。
此外，調查監測數年來也有意外發現，鄭錫奇說，在蘇花改工程路段雖然沒有發現新物種，但發現不少新分布紀錄種，例如這1、2年的黃喉貂，根據特生中心過去的調查資料，黃喉貂分布中高海拔，但蘇花改在海拔500公尺以下，黃喉貂移居低海拔的原因尚待研究；他還發現一些應該生活在高海拔的蝙蝠，但冬天竟出現在蘇花改，顛覆長久以來的認知。
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