近親交配可能是影響活存率的關鍵，引進日本九孔雜交
2003年九孔成貝發生病變問題後，水產試驗所研究員曾福生花了約兩年的時間走遍全國各地採樣養殖區與鄰近海域的九孔，將這些樣本進行基因型比對，發現全臺九孔的基因型幾乎一致，這意味著只要一有環境變化時，幾乎所有的九孔就會受影響。
曾福生獲得採樣結果後，試圖在臺灣找出基因型變異較大的九孔，來驗證近親雜交的推測。
當時業者在遠離養殖區外的花蓮海域採集基因型變異較大的九孔，以此做為繁殖的親本和養殖貝進行繁殖，活存率就跟病變前一樣好，但因數量有限無法挽救產業的問題，和業者交流意見後，他建議業者可以嘗試引入親緣較遠的種貝進行繁殖。
貢寮區漁會總幹事林麗美描述病變後的狀況，她說業者鄭慶煌曾自己從日本引進九孔，投入10年的時間反覆做實驗。鄭慶煌深信：「九孔只是生病了，總有一天會回來」。他認為貢寮引入黑盤鮑放養只是將就，因此耗費相當多的時間與精力復育九孔。
國立臺灣海洋大學水產養殖系冉繁華副教授表示，九孔發生病變之後，海大團隊有透過科技計畫補助，引進日本品系解決基本問題。學研單位開始從種原解決問題，思考可否透過品系雜交、改良品種來穩定九孔生產。
國立臺灣海洋大學水產養殖系學生在實驗課學習如何整理附苗池，並了解如何操作九孔繁殖，使種貝能夠排精排卵。
國立臺灣海洋大學水產養殖系學生在實驗課學習如何整理附苗池，並了解如何操作九孔繁殖，使種貝能夠排精排卵。種原管理能減緩快速死亡狀況再次上演
九孔繁殖是利用少量的公貝與較多的母貝進行交配，過去繁殖時會自己飼養母貝，從野外採集公貝回來交配。曾福生點出，問題是出在養殖產量提高，進而影響到九孔苗生產。
早期的繁殖模式會將繁殖用的種貝以及供食用的菜貝分離不混用，但自從陸上立體式養殖發展成功後，九孔苗需求量增加，種貝不足，開始有人拿販售用的菜貝作為種貝，來繁殖九孔苗，讓近親交配問題雪上加霜。
儘管死亡的確切原因仍舊不清楚，但曾福生表示有可能是天候和種原管理的問題。他指出，業者知道要引進日本九孔做為種貝，但不見得有餘力做好種原管理。
目前已知臺灣九孔與日本九孔產下的第一代的活存率會最好，但第二代、第三代會因缺少種原管理，無法釐清種貝雜交程度，造成九孔基因又回到原本臺灣品種的情況。
讓業者做好種原管理是一大門檻，除了需要將臺灣與日本的九孔分開管理外，當中關鍵因素是產業結構與市場機制。在大家活存率都普遍不佳情形下，就算做好種原管理，只能說在面對大規模病變時會死得比較慢，而不是不會死，因此基於養殖成本考量下，業者通常會選擇較低價的九孔苗。
曾福生指出，業者知道要引進日本九孔做為種貝，但不見得有餘力做好種原管理，會發現臺灣品種與日本品種產下的第一代的活存率會最好，但第二代、第三代會因缺少種原管理，無法釐清種貝雜交程度，導致又回到原本臺灣九孔基因過於純化的情況。
這代表臺灣品種並非基因型有問題，重點在管理和應用。
但要讓業者做好種原管理就是一大門檻，當中的關鍵因素是產業結構與市場機制，在大家活存率都普遍不佳情形下，養殖業者通常會選擇較低價的九孔苗。
曾福生表示，就算做好種原管理也不能保證活存率能有一定成數，只能說好的種苗會死比較慢，而不是不會死，但是還是要與業者溝通，希望讓他們有種原管理的概念。
進行九孔繁殖課程時，學生利用顯微鏡觀察九孔受精卵的細胞分裂狀況。
進行九孔繁殖課程時，學生利用顯微鏡觀察九孔受精卵的細胞分裂狀況。研究投入能讓產業復甦嗎？氣候變遷是潛在問題
冉繁華近年透過多品系雜交的方式，發展出九孔新品系，研究發現抗病力表現不錯，目前業者試養後反應還算不錯，可望能實際投入產業。
曾福生則是挑選特殊基因型的九孔進行冷凍精子保存測試，希望透過冷凍精子的運用增加九孔的基因多樣性。
不過除了種原問題，九孔要面對的，還有棘手的氣候變遷。
曾福生指出，去年5、6月的大豪雨，就影響到東北角的九孔，造成大量死亡狀況，而今年則是氣溫炎熱，清晨5、6點到東北角就能隱約聞到海帶臭掉的味道。
鄭慶煌表示，往年東北角夏季的水溫大概只有一兩天會到30度，但今年卻連續一個月都維持在高水溫。
如此的氣候異常也讓九孔生長速度比往年慢上不少，雖然有業者提出是閏六月造成的影響。但今年11月，東北角九孔業者仍舊愁眉不展，一問之下才知道今年大多數九孔池的活存率僅有3成，業者苦悶的說：「只能看著九孔一天天慢慢死去。」
