為確保國人食品安全，農委會農糧署補助果菜批發市場建置質譜快篩實驗室，強化農藥殘留檢驗效能，但國內現有27個果菜批發市場仍使用「生化法」進行藥殘快篩，因生化法無法定性定量，可能有符合藥殘標準蔬果被判定「不合格」而銷毀，讓惜食民眾不捨，近來引發話題。開發生化法的農試所指出，生化法檢測標的是神經毒性劇毒農藥，目的在風險控管，無法判定藥殘合格與否。
蔬果農藥殘留檢測方法，若是以衛福部訂定的農藥標準化學檢驗法（化學法），可檢驗381種農藥，精確度高，每件樣品檢測費用較高、約3,000至5,000元，檢測時間要5至7天，難以因應果菜批發市場每日即時控管所需；各市場以往多利用檢測速度快、費用便宜的農藥生化快篩法（生化法），但此方法檢驗農藥種類有侷限性。
農糧署自107年起陸續協助臺北農產運銷公司、新北市果菜運銷公司導入新式質譜快檢技術，此法單件樣品檢測時間僅要10至15分鐘，即可檢驗國內經常使用農藥198種，且費用較低，每件只要500至1,200元，有助提升果菜批發市場檢驗的即時性及準確性。農糧署109年補助臺中果菜批發市場建置質譜快檢實驗室，今年初完成實際採樣及檢驗測試，將於4月1日啟用。
國內蔬果花卉批發市場共有53處，除了臺北、新北及臺中已建置質譜快檢實驗室，部分市場委外做質譜快檢，小規模市場未實施藥殘檢驗，仍有27個果菜批發市場使用生化法做藥殘檢驗。
農試所應用動物組助理研究員江明耀表示，生化法檢測標的原是針對有機磷劑及氨基甲酸鹽類兩類神經毒性農藥，可檢驗農藥約100種，這些早期許可的農藥許多成本較低，市場需求一直都有，生化法檢驗就可避免這些劇毒農藥殘留風險；但他也指出，生化法僅能檢驗出藥殘有無，無法判斷蔬果藥殘是否符合安全容許量。
針對外界質疑生化法存在偽陰性、偽陽性問題，江明耀認為，「很多是外界誤解」。他舉例，像除蟲菊農藥生化法檢驗不到，但化學法檢測到，就認為是生化法的偽陰性，但實際上除蟲菊農藥本非生化法的檢測標的；又如「覆滅蟎」、「陶斯松」等農藥，早期版本的化學法沒有檢驗能力，或因殘留量低檢測不出來，但生化法可檢測出來，又會被當作是生化法的「偽陽性」。根據農試所研究，生化法檢測神經毒性農藥，真正的偽陽性低於5%。
此外針對蔬果本身含有精油等成分物質，可能干擾生化法神經酵素作用，導致檢測失準，農試所也公告生化法無法檢驗清單，包括：紅（白）鳳菜、青花菜芽、馬鈴薯芽眼、綠色香蕉、楊梅、柑橘類表皮、薑黃、即溶綠茶粉、精油成分高的草本植物，以及多數中藥材。
江明耀說，質譜快檢精準，但實驗室設置成本高，儀器處理件數有限；生化法成本低廉，檢驗每次只要30元，可處理大量的檢測，符合批發市場處理大量蔬果的需求，是它的優點。
