行政院拍板農田水利法10月1日上路，農田水利會將正式改制為公務機關，農委會主委陳吉仲14日接受廣播節目專訪時表示，農委會的農田水利處將升級三級機關，更名為農田水利署，17個農田水利會則會更名為17個「農田水利管理處」，農田水利會長的職務及職稱，將由農田水利理管處處長取代。
現行農田水利會會長由會員直選，此屆會長任職至9月30日止。陳吉仲說，雖然會員有150萬人，但每次選舉的投票率只有2成多，且後來的會員資格有也爭議，擁有A4尺寸大小的農地也能加入會員，使得會員的代表性發生爭議，選舉結果無法代表農民最大的權益。
今年10月1日以後，農委會農田水利處升格為農田水利署，17個農田水利會就會直屬於農田水利署，變成行政單位「農田水利管理處」，至於17個農田水利管理處的處長人選，陳吉仲開出選才條件，他說：「要從專業的、具有農田水利相關資格，擔任過會長或總幹事這種專業的人，來擔任管理處的處長」。
立法院三讀通過農田水利法後，反消滅水利會全國自救總會也透過立法委員連署，聲請釋憲，但行政單位進行農田水利會改制公務機關的法制工作，也已接近完成階段，因此，即使10月1日如期完成改制掛牌，農田水利管理處未來的發展仍值得關注。
農田水利會改制最大爭議之處，仍是處分財產權利的議題，因為17個農田水利會共有7百多億元的現金及1千5百多億元的不動產，即使農委會在制度上已透過成立基金的方式確保水利會資產，設立專戶並且專款專用，還是無法消除質疑。陳吉仲表示，只有都市型的水利會比較有錢，但屏東、嘉南、雲林、花蓮、臺東這些農業縣市，其水利會的財務，很需要農委會編預算支持，農委會原本每年就會編列60億元經費協助，讓農業縣市的農田水利會可以持續運作，改制後，60億元的預算仍會繼續編列。
增加灌區面積、讓水資源的調度更有效率，是水利會改制後可以達到的效果，陳吉仲強調，農委會要保確水利會升格為公務機關後對農民更好，能做到這一點，就是升格成功；他認為，水資源的調度分配，要站在國家的角度、農業的角度去檢視，政策執行的過程雖然會有紛擾，但最後結果大家會看得到。
