臺灣從日治時期引進「麗文蛤」放流淡水河，開啟文蛤養殖產業，因此長久以來將國內養殖及市場流通文蛤當成麗文蛤後代，但農委會水產試驗所經DNA鑑定，確認臺灣的文蛤基因序列與過去紀錄中的麗文蛤、中華文蛤均有顯著差異，3月底發表SCI國際期刊《軟體動物研究》（Molluscan Research），正式命名為「臺灣文蛤」。臺灣野外棲地及人工養殖文蛤均為此物種。
文蛤是生存在海水環境的貝類，主要棲息淡海水交界河口或潮間帶水流平緩的砂質海底，國內文蛤養殖產業可粗分將文蛤苗以人工池養殖，以及將文蛤苗放養野外河口、潮間帶砂地養殖兩種，因養殖業會自留種原繁殖，個別業者種原來源難以考察。
因新北市淡水區漁會長期在淡水河口捕撈野生文蛤，近年發現數量減少，委託水試所調查復育及放流人工繁殖文蛤苗，研究員為了確認種原進行DNA鑑定，意外發現文蛤基因序列與過去國內紀錄中的麗文蛤（M. lusoria）、中華文蛤（M. petechialis）均不同，與麗文蛤基因序列相差9.53%，與中華文蛤相差7.59%，是尚未被描述命名的新種，因此定名臺灣文蛤（Meretrix taiwanica）；水試所陸續調查全臺野外棲地、養殖場及市場販售文蛤，證實均為臺灣文蛤此一物種。
水試所海洋漁業組副研究員蕭聖代表示，麗文蛤、中華文蛤及臺灣文蛤3個文蛤屬物種，各別物種的不同個體間的外部型態變異性大，但3個物種彼此的大小、殼形及殼色花紋等特徵差距卻不大，使得從外觀做種類鑑定容易混淆；麗文蛤主要分布日本、韓國，中華文蛤分布中國泉州以北沿岸，臺灣文蛤是臺灣原生種，但在中國南部沿海也有分布。
文蛤屬3物種外觀比較：A.臺灣文蛤；B.中華文蛤；C.麗文蛤。（圖片提供／水試所）
臺灣文蛤、中華文蛤與麗文蛤的地理分布圖。（圖片提供／水試所）
麗文蛤是溫帶冷水性物種，推估自日治時期引進後可能不適應臺灣亞熱帶環境，現今已無存活；並經與日本學者研討，得知麗文蛤具有幼期棲息河流中上游，長大後再向下游河口遷徙的生態習性，臺灣文蛤顯然不具備這種習性。
蕭聖代指出，水試所DNA鑑定是使用粒線體CO1片段，以文蛤屬物種來說，此片段基因序列相差2%、3%即可視為不同物種，對比麗文蛤，臺灣文蛤基因雖較接近中華文蛤，但也顯然是不同物種；過去中國已知其南部沿海文蛤與北部沿岸文蛤基因有差異，但他們只視為是中華文蛤單一物種間的變異，直到水試所研究發表才正式命名為新種。
臺灣除了臺灣文蛤，另有一種俗稱「韓國文蛤」（M. lamarckii）文蛤屬物種，承受海水鹹度及水流擾動程度比臺灣文蛤高，分布在宜蘭、龍洞一帶海岸砂礫地，但其外型與臺灣文蛤差異很大，不容易與臺灣文蛤混淆。
臺灣除了臺灣文蛤，還有一種俗稱「韓國文蛤」（M. lamarckii）文蛤屬物種。（圖片提供／水試所）
