未來農委會要將 17個農田水利會改制升格為公務機關，隸屬於農村及農田水利署，期望透過改制讓更多農地納入灌區中，並能完善水資源管理及硬體設施。
水利會原有的事業為資產將會以公設財團法人，進行多角化營運，經營所得會用於農田水利事業，另外也會成立特種基金，管理水利會的現金資產與公務預算，以維持水利用途。
南投農田水利會會長林庚辛表態支持改制，希望改制升格之後能夠改善圳路老舊的問題，降低漏水率。但林庚辛強調，政府一定要顧及農民權益，不能讓農民的權益因為水利會改制而遭受到損害。
水利會與水頭里社區發展會合作，透過灌溉圳路營造鳳雛生態公園，此為灌溉主幹線。
枯水期農民使用「二手水」影響收成，盼望農水路現代化
南投農田水利會的歷史最早可追溯至清代，但灌區內大多數的管線是在民國50年代由民眾及政府出資整建完成。目前灌區涵蓋彰化、臺中、南投等區域，共有10個工作站，灌溉面積約1萬2千多公頃左右，仍有1千多公頃農地位於灌區外，現在正進行管線規劃。
該灌溉事業區地勢落差高達700公尺，水源來自於烏溪系統，沿線地形陡峭，夏季的豪大雨常造成取水口及導水路嚴重損害，大雨後灌溉渠道常有堵塞問題，每年相關維修費用高，冬季則面臨雨量稀少造成水源不足，與夏季相比僅有不到5成水源可供應灌區，用水調配成為南投農田水利會的難題之一。
在埔里當地有著20幾年種植經驗的農友廖永文表示，灌溉水源會受到颱風、豪雨或是乾旱影響，像是枯水期時農民就會去尋求井水，甚至是二次用水、三次用水，但使用這些「二手水」會影響到作物收成。雖然現在相關節能灌溉設備都十分進步，但新增滴灌、噴灌設備都需要大量經費，這些都要仰賴政府提供經費興建。
農民廖永文表示，使用「二手水」會影響到作物收成，需政府提供經費興建新增的滴灌、噴灌設備。
目前南投農田水利會擁有現金存款近9億元，每年的收入約有3.8億，其中有7至8成是來自於政府補助，但總支出卻將近4億元，面臨千萬的財務缺口，南投農田水利會只能依靠變賣土地或是出租大樓來維持水利會運作。
林庚辛語重心長地指出，灌溉圳路老舊是供水不足的大問題，南投農田水利會境內圳路長達146萬多公尺，這些圳路都已經使用5、60年以上，時常需要維護及修繕，但是水利會經費不足以負擔圳路全面修繕，因此有將近4成的灌溉用水都從老舊圳路中消失。
南投農田水利會灌溉區域圖。（圖片提供／南投農田水利會）
希望政府能提撥經費，改善老舊圳路
林庚辛指出，南投農田水利會過去就依循政府政策在推動管理事業，期望水利會改制後，政府能夠投入經費修繕南投農田水利會的圳路，減少漏水問題，相信這樣就能夠大幅改善旱期的缺水問題，並且落實擴大灌區計畫，將剩餘區域通通納入灌區中，而農民也能獲得更多照顧。
廖永文則表示，有些農田因為水資源不足而影響作物生長，最後決定休耕，當政府提倡青年返鄉時，要先處理水的問題。另外只要會員不因為水利會改制而有權利受損狀況就認同這項政策，政府也應在改制後更重視農民權益，並照顧好水利會原有的員工，共創更好的福利。
南投當地灌溉中的茭白筍田。
水利會員工是農田水利的重要基石
現行水利會改制後將採行雙軌制，原有員工將依循水利會制度進行聘任，但林庚辛希望水利會改制後，能讓水利會員工直接進入公務人員體系，他提出，水利會員工也是經由考試進入水利會，但像是掌水工、小組長工作危險性高、服務時間長，薪資卻不成正比，政府應該在改制後要提撥些經費照顧辛苦工作的人。
「這些員工比一般公務人員還辛苦」林庚辛表情嚴肅的說，改制後政府一定要保障水利會員工的權利，颱風天水利會員工站上第一線關水門、巡視圳路，甚至捲起褲管進入水圳中清理雜物、樹木，以免造成更大的災害。廖永文表示，水利會員工都有對水利會貢獻以及負起相關責任，政府需要保障及維護員工權益。
農委會說明，農田水利會改制升格，對於員工權益保障及農民用水規劃已有完整規劃。基於農田水利會員工為政府推行農田水利政策之重要基石與夥伴，改制後，員工工作權益理當妥予保障。
農委會目前已向銓敘部、人事行政總處協商爭取，水利會改制後人事制度採雙軌制運作，現有農田水利會人員繼續適用農田水利會人事管理規則，確保現有職員的工作權、升遷制度及退休金等。後續也將推動農田水利會改制條例立法，以法律的高規格保障現有人員工作權。
林庚辛強調，政府一定要顧及農民權益，不能讓農民的權益因為水利會改制而遭受到損害。
水利會財產保證用於農田水利
「水利會財產要用於水利會，而不屬於政府機關。」林庚辛強調，南投農田水利會過去有一半建設都是由農民捐贈，雖然無法追溯是誰出資興建，但這些既有的財產要用於會員身上。不過林庚辛也指出，水利會從民國81年開始停徵會費，相關圳路修繕費用都是由政府支應，因此管線部分可以說是折舊得差不多了，目前就是剩餘資產的問題。
農委會指出，農田水利會改制後，農業水權、資產規劃及農田水利會員工權益保障及基層水利服務，均已完善考量。未來農業水權的申請，將打破農田水利會本位，進行區域水源最佳化調配，提升農業水資源利用效率，若遇枯旱狀況，將依據水利法第18 條之規定農業水權優先於工業水權，極力捍衛農業用水，若需短期調度農業水權，則依農業用水調度使用要點，對受影響農民予以補償。
國立屏東科技大學土木工程學系教授王裕民建議，政府將農田水利會改制為公務機關後，應該要設置委員會，廣邀全國各地專家學者進入委員會內，了解每個灌溉事業區的內部狀況，與農民一起找到問題點。
