季節交替之際，魚塭水質管理也要跟著注意，高雄市動保處近兩年加強宣導養殖戶水質自主檢驗行動包，提升漁民自主控管水質的能力，不良件數雖提升至123件，但不良率約佔3成，與往年同期相當。根據農委會防檢局動物疫情3月統計資料，弧菌病、卵圓鞭毛蟲症、潰爛病等全臺病例雖較去年同期少，但天氣轉熱，水質管理也要到位，才能降低養殖物生病的機會。
防檢局官員表示，目前因各縣市檢驗經費有限，檢驗的程度不若高雄市高，因此高雄市看似不良數字高，但其實是反映養殖戶自主管理的能力很好，「值得嘉許」。另外，雖然氣溫還不到病菌好發期，還是呼籲養殖戶可即早管理水質，減少細菌孳生的機會，避免漁獲受損。
高雄市動物保護處檢驗組組長林琮峻表示，在季節轉換時，水裡的沈積物會隨著水溫向上移動，導致水中亞硝酸鹽或氨的濃度高，水產動物就容易缺氧生病，「有3分之1的病症來自於水質不良，可能驗也驗不到病菌，但魚就是生病了。」因此要加強魚塭放流水、水車打氣的時間，改善水質及溶氧量。
林琮峻說明，養殖的密度也不宜超過適合單位的2到3倍，排泄物量增加，水質也不好管理，連帶魚隻大量死亡，便與原先想增加漁獲量的想法背道而馳，多養不一定多賺，反而增加罹病機會。
另外，林琮峻補充，從106年的通報紀錄來看，高雄地區卵圓鞭毛蟲症好發於3至4月，雖然現在病例僅17例，但還是提醒養殖戶及早因應，控管水質降低寄生蟲的數量。高雄市動保處也在鳳山處本部、林園區與永安區設有魚病檢驗站，定期有獸醫駐診提供水質及魚體的檢驗服務，也會提供飼養管理及用藥的宣導，有需要的民眾可到站洽詢。
高雄市動保處提供自主檢測試劑包，內有氨與亞硝酸鹽檢驗試劑、玻璃試管及藥劑成色圖卡，顏色越深顯示含量越高。養殖戶可即早針對檢測結果，進行養殖池水質管理的措施。
