兩岸交流頻繁，卻讓臺灣大量農業品種、技術外流中國大陸，臺灣大學農藝學系名譽教授郭華仁擔心，兩岸品種權法規針對「農民免責」基礎不同，臺灣品種縱使申請中國品種權保護，我國育種家仍要不到權利金；高雄科技大學國際企業系主任李仁耀則建議，透過兩岸協商對「農民留種」認定取得共識，針對雜交選育品種，則應將親本「根留臺灣」，保護國內品種。
郭華仁指出，中國品種權法規是根據1978年舊版國際公約，其中有所謂「農民免責」條款，意即農民種了具有品種權的品種，可自行繁殖種苗、販賣收成，不會違反法律，僅限不可販售種苗；因為有此漏洞，1991年新版國際公約便將農民免責範圍限縮，由各國依據國內情況，指定特定農作物才能農民免責。
我國品種權法規即依據新版公約，公告適用農民免責農作物包括稻、玉米、落花生、綠豆、紅豆，以及毛豆以外的大豆等，包括鳳梨在內的蔬果花卉則不適用農民免責；但反觀中國，所有植物都適用農民免責條款，未來臺灣鳳梨即使是「台農21號」之後有品種權保護的新品種，「中國農民宣稱是自家繁殖種苗，就可以毫無限制地種植販賣果實，我國育種家根本要不到權利金。」
郭華仁認為，中國即使品種權法規修正依循新版公約，仍恐發生政治凌駕經濟情事，無法保障我國品種權；他說，因種子體積小，要帶出去太容易，品種外流幾乎無法遏止，建議國內應盡量迴避中國大陸市場，盡量到法治國家申請品種權，發展這些國家的外銷市場。
李仁耀指出，在國際市場上，臺灣可以在第三國進口市場如日本註冊品種權，建立品種授權機制，如此中國大陸即使竊取我們的品種，它也無法出口日本，農委會芒果品種「高雄3號─夏雪」便已在日本註冊授權，確保臺灣品種在國際市場的權益。
若是在中國大陸市場，就要透過兩岸智慧財產權保護機制協商，我國蘭花產業就是如此。李仁耀說，兩岸智財權保護除了需在中國大陸註冊，還需要有人進行市場巡檢，舉證求償才有用，國內蘭花業者即是透過與福建漳州臺商策略聯盟，委託臺商檢查我國蘭花品種被侵權情形。
至於中國品種權法規「農民免責」條款，不利我主張品種權權利，李仁耀認為，兩岸對農民留種認定不同可透過兩岸協商尋求共通性，特別是經濟作物；透過雜交選育的作物品種，國內農民、業者則應有品種權意識，將親本留在臺灣，只培育F1（雜交第一子代）品種到中國大陸銷售，如此即使留種也會變異，經濟價值就會往下掉。
