立法院2日三讀通過《農田水利法》，水利會確定改制為公務機關，公法人身分將走入歷史。水利會改制面對反對聲浪，經過一整個下午的漫長表決大戰才過關，立院場外有農田水利會代表抗議，但也有5個農田水利會長親自前往農委會，向農委會主委陳吉仲表達支持。陳吉仲表示，不論行政院最後決定的施行日期為何，農委會「農田水利處」都會如期在10月改為「農田水利署」，提升機關層級，服務更多農民。
《農田水利法》三讀通過後，陳吉仲回到農委會召開記者會表示，法案的通過對於農業改革、農民用水、全國水資源調度等，都留下非常重要的歷史紀錄，法案通過了，對農委會來說，才是工作的開始，「農委會會承擔下所有的工作，但需要17個農田水利會長、2千多個員工、以及小組長們、工作站主任一起努力。」
陳吉仲說明農田水利法立法效益，包括：透過全國性的水資源調度，可以提升用水使用效率；配合農業政策興設農田水利措施，以逐漸擴大灌區服務範圍；農田水利署將有法源依據針對污染灌溉水質、盜水、破壞農田水利設施等行為開罰，被查獲污染灌溉水質最高可開罰2千萬元。
同時，陳吉仲也再三保證，現有水利會員工的工作權及福利薪資都可獲得保障，甚至，未來提供更多灌區服務後，福利也可望跟著提升，而且水利會工作人員的雇主，將從水利會變更成政府，未來保障會更多。不過，灌溉小區的小組長則由遴選改為遴派。
有些水利會因為擁有龐大資產，改制成公務機關後，資產是否納入國庫，引發外界關注，陳吉仲強調，農田水利會資產一定專款專用，且原資產會成立專戶，各作業基金排除國產法限制，基金不僅不納入國庫，農委會還會繼續撥補經費，每年總金額60億元的預算會撥補到基金中。
農田水利諮議會的組成，也曾受到質疑，因為擔心灌區內農民的心聲無法獲得重視，根據三讀通過的《農田水利法》，由會務委員會轉型成的諮議會，成員有專家學者、地方人士、農民，且農民人數要超過3分之2，陳吉仲認為，諮議會成員可以充分反應農民的心聲與需求。
七星、石門、南投、高雄、屏東等5個農田水利會會長力挺農田水利會改制公務機關。（攝影／陳儷方）
