國外水產養殖生物安全管理早已行之有年，不過臺灣養殖業者以個體戶為大宗，多數情況，魚塭僅隔一條土堤就分屬不同業者，疾病、藥物可能隨著空氣、水源或鳥類的傳播， 影響到鄰近魚塭；再加上養殖區域分散在沿海區域，如何妥善規劃進排水管線，杜絕水源交叉汙染、落實生物安全管理，深深影響養殖業者一整季的收成。
「落實生物安全，應考量環境、生物、營養、疾病四大方向。」臺灣海洋大學水產養殖學系教授冉繁華表示，水產養殖要做好生物安全管理，必須考量空氣、鳥類 及流動水三大要素，其中水產養殖在生物 安全管理上的最大漏洞正是「流動水」。
過去臺灣有相當高比例的養殖區域進排水不分離，無法確保引入魚塭的水源是否受到汙染，當魚塭爆發疾病，病原可能隨著魚塭水體流動與進排水而散播。
國外養殖業土地面積較大，會在同一海 域中依據洋流特性規劃進排水管線，避免水源交互汙染，但臺灣地狹人稠、土地有 限，進排水多半在同一海域，難以與國外 狀況相比，折衷之道可從區域共同管理和建立自家「水庫」，雙管齊下。
冉繁華以高雄市永安區的冷排水為例， 因當地台灣中油股份有限公司永安液化天然氣廠會大量抽取海水，讓液化天然氣從零下 162°C轉換為氣態，為避免管線內有附著物產生，海水會先經殺菌處理，降低水中藻類及細菌含量。
2005 年起，台灣中油股份有限公司將永安液化天然氣廠冷排水無償提供給永安區居民使用，之後行政院農業委員會漁業署也編列預算，用七期工程為永安區養殖業者建設冷排水管線。冉繁華團隊配合漁業署計畫，針對冷排水進行水質檢測，結果發現冷排水帶菌量極低，作為養殖用水能提高生物活存率，降低生物危害機會。永安區案例顯示，從環境著手，有機會解決流動水的問題，冉繁華說：「如何整合大家共同處理乾淨用水，並且讓養殖用水進排分離，是過去、現在及未來的課題。」
建設水庫，穩定水質為基本盤
永安區的成功案例引起外界廣大關注， 政府近年也開始在養殖漁業生產區推動架設統一供水站，同時規劃排水管線，有效管理養殖水源進排分離。然而，統一供水站須透過工程建設，耗費時日較長，短時間無法拓及所有養殖區域，個體養殖戶不妨試著建立「水庫」。
坐落在臺南市學甲區的亮哥生態養殖場，同時提供觀光休閒、風味餐及DIY 活 動，場內所生產的臺灣鯛獲得國際非營利 組織水產養殖管理委員會「負責任的鯛魚養殖國際基準」(ASC-ISRTA)認證，此認證評估養殖業者是否建立負責任的管理方式，使該項漁業可持續性發展。走進場內可以看到一條筆直的道路，在場區邊緣有幾個魚塭正在晒池。
場主周志亮的太太蔡阿玉表示，這些空魚塭之後作為水庫，水庫可以在養殖魚塭發生問題時，立即處理水質問題，例如看到魚隻浮頭，表示底下水質可能出現變化， 不適合魚類生存，可立即抽取水庫換水。 目前場區水庫依照收成、放養情況進行適度調節，讓每個養殖魚塭都有機會成為水庫，降低土地生產壓力。
冉繁華說明，穩定水質對養殖生產相當重要，養殖用水可能會受到環境影響，例如養殖過程過度投餵飼料，可能讓飼料無法完全被利用，除了成本增加外，池底飼料會被細菌分解，產生亞硝酸、硫化物等。 若養殖業者為了稀釋水質，直接引進外部水源，水質變動可能影響魚塭環境，緊接著發生疾病。
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