學校午餐議題牽涉多部會，繼8月初衛福部、農委會與教育部邀請公民團體參與討論食安相關議題，9月初（8日）在衛福部食藥署舉辦「與公民團體進行食安溝通與資訊交流第2次會議」。會中公民團體代表質疑，各縣市午餐費用差異大，且學校午餐秘書多由教師兼任，負擔太重，未來應改成專門行政職，但是教育部表示，須修法才有可能正式編制員額，現階段會請各地方政府與學校重新評估工作量。
農委會副主委陳吉仲先前承諾，農委會將負責學校午餐的源頭管理，並提高四章一Q認證食材（有機農產品、產銷履歷、CAS臺灣優良農產品、吉園圃安全蔬果標章或有臺灣農產品生產追溯QR code標示）進入學校午餐。
對此，主婦聯盟環保基金會臺中分會會長張明純表示肯定，也期許四章一Q的量能持續增加，但是她提到，現今全民食安意識抬頭，各校卻沒有專職的午餐組長，目前午餐秘書多由教師兼任，負責辦理午餐招標、弱勢學生午餐補助等行政業務，雖然午餐秘書當學年可減課，但是業務量負擔大，「我們花這麼多力氣做好源頭管控，很擔心中間教育體系接不到農委會和衛福部的球，請教育部審慎考慮這個問題。」
張明純也說，偏鄉的學校午餐價格普遍偏低，但這屬於地方自治的業務，有些地方首長選舉時甚至把午餐費凍漲當作競選指標，導致許多家長認為應是政府負擔學校午餐費，往後要調回家長自付就會變得很困難。以彰化縣學校午餐費用為例，現在是政府與家長各付一半，造成學生的資格被分成九種，「午餐秘書光是搞懂這九種資格及辦理不同補助就傷透腦筋，每個人都垮著臉來參加研習。」
張明純建議，明年如果《食育基本法》有望通過，到時候午餐秘書的工作量也會增加，政府若想從源頭到末端都做出成效，教育部應考慮將午餐秘書轉成行政職，不應只停留在代辦業務。另外，教育部也應告知家長提高價格的重要性，讓四章一Q食材能順利進場，「偏鄉家長已經被傳統視為福利的學校午餐養壞胃口了，認為低價才是好，教育部要去思考，才能跟衛福部和農委會接上線。」
對於午餐秘書未來有無可能成為專門行政職，教育部國教署學務校安組專門委員葉信村回應，根據「直轄市縣（市）政府及所屬中小學校辦理學校午餐應行注意事項」，學校午餐供應委員會屬任務型編組，由校長指定學校行政人員或老師兼任。因現行編制是依《國民教育法》訂定，假如未來午餐秘書要轉成專門的行政職，必須透過修法，將任務型的學校午餐供應委員會調整成正式組織，才能正式編制員額。
葉信村也說，目前教育部授權地方政府讓兼任午餐秘書的教師減課，一週可減1到2節，如果教師負擔過重，會請各地方政府依照人力、適宜的組織權責重新檢視工作量。
城鄉學校餐費不同，是因成本結構不同
主婦聯盟環保基金會南部辦公室董事王南琦則質疑，各縣市學校午餐費用價格差異大，臺北市最高60元，臺中市最高53元，高雄最高44元，但雲林縣有三所小學為18元，「18元到底要吃什麼？我們一直在討論四章一Q，但有些小孩連最基本的四菜一湯都吃不到，請相關單位可以多關注。」
至於各縣市學校午餐的價格是否真不均？國教署回應，現行的午餐費用是由地方政府訂定代收代辦基準，各校在這個基準範圍內執行招標作業，每個縣市因區域特性不同，價格也有差異，目前全國學校午餐費平均是40元。
國教署進一步解釋，雲林縣午餐費18元是因為採用公糧米，且有麵食中心統一供應麵食，因此能降低成本，剩下的招標成本只剩肉和蔬菜，縣市政府還有針對廚工薪資或廚房設備和燃料費統籌補助，跟學生收的午餐價格自然就會降低；臺北市雖然是65元，但多是外包給團膳廠商或以桶餐供應，不能單從媒體報導的價格來判斷各縣市學校午餐的價格高低及品質優劣。
雲林縣政府也發新聞稿澄清，因雲林屬於農業縣，學校午餐食材幾乎來自在地生產，廠商能降低運輸成本，縣內公立中小學也有自設廚房，所以採購價格會比都會地區還低，而且縣府有推廣多校聯合採購模式，能大幅降低午餐費用所支出的成本。
