豆芽菜營養價值高，可四季量產，是餐桌上常見的食材。然而，過去也屢屢傳出有廠商為了提高賣相與儲存時間，違法使用漂白劑於豆芽菜上。
除此之外，消費者也常關心豆芽菜生產過程中是否不當使用「滅根劑」、「植物生長調節劑」，農傳媒整理豆芽菜選購、處理方式供民眾參考：
- 可挑選帶有根部的豆芽菜。無根豆芽菜可能是已切除根部的「銀芽」，價位相對較高，另一種可能是因爲求美觀而在生產過程添加滅根劑。
- 莖部細瘦，呈現自然的淺褐色為佳；白嫩肥胖可能添加漂白劑。
- 避免購買有異味的豆芽菜。
- 市面上有經CAS或有機驗證的豆芽菜，來源可追溯，可注意產品包裝標示。
- 若有疑慮，食用前可用清水浸泡並多次換水，烹煮時可打開鍋蓋、揮發掉殘餘物質。
財團法人台灣優良農產品發展協會副執行長洪美英建議，選購豆芽菜時可以選擇帶有根部者。不帶根的豆芽菜可能是去頭去尾的銀芽，價位相對較高，大多賣往餐廳；但另一種情況則是因為生產過程中求美觀，而添加化學藥劑抑制根生長。
彰化縣衛生局長葉彥伯說，過去當地曾稽查到有業者為求賣相，使用含二氧化硫的漂白劑來浸泡豆芽菜，防止氧化褐變，使得豆芽菜較粗脆、白皙、堅挺。
6月中旬桃園市政府衛生局會同法務部調查局臺北市調查處，查緝到有業者使用俗稱保險粉的「低亞硫酸鈉」來水洗豆芽菜，涉違反《食品安全衛生管理法》移送地檢署偵辦。
據衛福部食藥署說明，低亞硫酸鈉屬於食品添加物中的第三類抗氧化劑及第四類漂白劑，主要用於金針乾、杏乾、白葡萄乾等脫水食品上，但不得用於生鮮蔬果、芽菜類。
儘管低亞硫酸鈉被食用後，會有部分游離態的亞硫酸鹽氧化後變成硫酸鹽，經尿液排出體外，不會蓄積在人體內，但食藥署也提醒，如果食用含有超量亞硫酸鹽的食物，部分具過敏體質的人，可能會出現哮喘、呼吸困難等症狀。
