防檢局表示，98年就已經針對防檢疫部分向美方提出詳盡的書面報告，10年了，才獲得輸美同意，真的等很久。根據臺灣芭樂鮮果輸美工作計畫，在供果園的部分，芭樂樹開花後3週（果實直徑小於4cm）即應雙層套袋（使用舒果網及PE袋），田間管理應符合美方規定，果園落果須立即清除，果園自採收前30日起應由防檢局定期檢查，並確實保留全程溯源紀錄，農藥施用則應符合美國農藥殘留容許量規定。
在包裝場部分，須向防檢局申請並經審查認可，採自輸美供果園的芭樂須在登記認可的密閉包裝場進行除袋、清潔及包裝，包裝箱上須貼有可回溯至原供果園的溯源標示。
完成包裝的芭樂在輸出前，業者須向防檢局申請檢疫，防檢局取樣檢查，確認未發現美方關切的檢疫有害生物後，才可以裝載入美國農業部認可的冷藏貨櫃，並由檢疫人員監督溫度探針插針、封櫃後，防檢局簽發輸出植物檢疫證明書，並在運輸途中運抵美國前完成1℃以下持續17天之冷藏處理。不過，若供果園可有效維持果實蠅發生密度低，可以選擇0℃以下持續12天或1℃以下持續15天的短天期低溫處理方式。
芭樂低溫超過半個月，目的是在確保殺蟲效果，但低溫冷藏這麼久，是否造成芭樂風味及口感的減損？防檢局副組長翁壹姿說，早在98年就做過試驗，這樣的處理條件是可行的，可以兼顧殺蟲效果及品質維持。不過，從果園採收芭樂後要配合的準備過程比較多，包括預冷在內，新鮮果實採下來後要降溫，去除田間熱，以助適應之後運送過程中的低溫環境。
芭樂主要出口市場是加拿大，雖然與美國緊鄰，但加拿大對芭樂進口的檢疫沒有特殊規定，僅採一般檢疫，待業者將貨物備好，向防檢局申請檢疫，防檢局目視檢查並採樣檢驗沒問題，就會核發檢疫證明書，業者就能把芭樂外銷至加拿大了。臺灣外銷至加拿大的芭樂，往年都有1千公噸，今年大增，到目前為止已有2千多公噸。另外，中國大陸、香港，以及新加坡、阿拉伯聯合大公國都有進口臺灣芭樂，馬來西亞也有進口一些。其中，外銷至香港及新加坡的芭樂，無須附檢疫證明，只要先向其相關政府單位申請取得輸入許可即可，中國大陸、阿拉伯、馬來西亞則是與加拿大相同，採一般檢疫，附檢疫證明書即可輸入。
