這次疫情來得又快又嚴重，讓很多產業都猝不及防，農委會主委陳吉仲表示，休閒農業、花卉產業，以及黑鮪魚是這波疫情中，短期內受創最嚴重的產業，尤其「休閒農業全部倒，因為沒有遊客」，不過，這是5、6月的短期影響，疫情對農產業衝擊程度仍須視未來疫情能否獲得控制而定。農委會這次追加196.6億元的紓困預算，174億元用於農漁業的生活補貼，先集中於紓困的救急措施。
5月中旬雙北率先提升至三級警戒，不久，全國也進入三級警戒，減少外出是最高指導原則，因此休閒農業第一個就關機，陳吉仲說，若要說短期衝擊，5、6月受疫情影響最大，就是休閒農業、花卉產業，以及正值產季的黑鮪魚，「農場全部倒，因為都沒有遊客，花卉也全部受影響，黑鮪魚因為餐飲業都沒有了而受到衝擊」，5、6月短期時間內受疫情重大影響的，就是這3項產業。
農委會輔導處長陳俊言表示，輔導處調查已有5百多家休閒農業公告暫停營業，繼續營業的業者，其營業額及來客數都是大減，受到很大衝擊，已向行政院爭取7,200萬元經費，並規劃輔導方案，協助休閒農業業者度過難關。
去年疫情爆發後，花卉產業就受到很大影響，農委會農糧署長胡忠一表示，去年編預算補貼花卉市場供應人須繳交的管理費，今年會續辦；去年將花卉作為花卉教育課的材料，但今年這項計畫因為停課而無法執行，不少縣市已繳回經費，農糧署將再安排其他用途；至於花卉公共藝術，今年也會照常舉辦，在國道休息站、臺北車站等較為空曠的公共空間，以花卉做藝術造景，在消費內需低迷、外銷未改善前，政府介入力挺花卉產業。
另一個受衝擊的產業項目則是黑鮪魚，5、6月正是黑鮪魚漁獲最豐富的時段，卻遇上餐廳禁止內用的防疫期，東港黑鮪魚拍賣價一路走跌，5月28日出現跌破每公斤150元的低迷行情，所幸6月初回升至200元價位。農委會漁業署長張致盛表示，將協助加工及凍存，待餐廳恢復內用消費後，凍存黑鮪魚即可釋出供應。
疫情升級三級警戒後，學校自5月19日至6月14日停課，對於供應營養午餐團膳蔬菜的農民影響很大，須另覓銷售途徑，陳吉仲指出，全國學校營業午餐的供餐人數約186萬人，每日需要蔬菜量280公噸，停課影響共計18個供餐日，農糧署協調受影響農民，將蔬果送往果菜批發市場優先拍賣、媒合國軍及電商或量販通路採購等措施，緩解銷售壓力。
去年的疫情讓電商平臺的蔬果銷售崛起，今年更加強化，防疫夯品「蔬菜箱」成為熱門關鍵字，陳吉仲說，消費者在乎防疫的前提下，農產品供應要穩定到手，尤其各縣市政府陸續加強傳統市場的分流管制措施，消費者透過電商平臺、農漁會供銷部、蔬果合作社等產地直銷管道訂購更多的農漁畜產品，「本周與上周比，北農蔬菜供應減少1成6，以平均每日到貨量1500公噸計算，1成6等於有2、3百公噸的蔬菜，從批發市場、傳統市場，改供應至其他管道」，現在最重要的工作是協調宅配業者，有效率地調度送貨能量。
陳吉仲同時表示，糧食安全不必擔心，稻米公糧庫存75萬公噸、民間庫存20萬公噸，加上今年收成的一期作，足供國人18個月所需；盤點蔬菜水果、畜禽產品、水產品等，均超過6個月的安全水準，供應無虞。
擴大估計未來1年農漁畜產品供應量能，稻米供應量（170萬公噸）超過需求量（120萬公噸）；蔬菜需求量253萬公噸；果品需求量257萬公噸，不算進口蔬果，光是國內生產量已與需求量相當。畜產品方面，豬肉需求88萬公噸、雞肉需求80萬公噸、液態乳需求42萬公噸，雞蛋需求2,093萬箱，國內生產加上進口量後，均能正常供應。
