全國17個農田水利會今年10月就要改制為公務機關，法源《農田水利法》的立法有時間壓力，29日在立法院經濟委員會進行草案報告及詢答，農委會主委陳吉仲表示，相關子法已經備妥，待母法三讀通過即可公布；同時，農委會農田水利處也會配合行政院6月的組改時程，改組為農田水利署，未來，17個農田水利會即改制為17個分署，分署長由事務官擔任，因為是公務員身分，因此外界擔心的政治操作問題，不會存在。
陳吉仲表示，水利會改制為公務機關對農民而言最大的保障，就是農田水利署可行使取締污染水質、妨礙灌溉等違法行為的公權力；對於現在不在灌區內、灌溉水源取得困難的農民，更有好處，農田水利署透過農業水資源的開發，將灌溉服務由目前31萬公頃，逐步擴大至全國68萬公頃可供糧食生產的農地。
不過，民眾黨立委邱臣遠提出質疑，因為缺水而停灌休耕的情形，經常發生，現在卻說可以擴大灌區，2月的春耕用水都不夠了，擴大灌區後的農業用水該如何供應？供水恐怕只會更吃緊。陳吉仲回應表示，農業部門會在維持糧食安全的前提下，配合水資源調度，並且強調服務非灌區農地的重要，他舉例，南投埔里大坪頂的百香果，現在愈種愈好，但大坪頂本來不在灌區內，但經農委會水利處協調南投農田水利會幫忙，現在大坪頂已有灌溉水源可以用，百香果產業可以永續經營。
水利會原為公法人，部分水利會資產龐大，這些資產在改制為公務機關後資產會不會變成國家的，也是各界關切重點，陳吉仲說明，農田水利會的資產專款專用，農委會依法將設置農田水利事業作業基金，下設17個分基金，分別承受17個農田水利會的資產，其資產之處分及孳生所得，均屬於各分基金，不受國有財產法的限制，分基金若處分財產，所得仍留存於基金，不需繳庫；且分基金之間也各自獨立、互不流用。根據農田水利處資料，全國17個農田水利會的現金有5、6百億，不動產有1千5百多億，陳吉仲強調，「不會有侵佔人民財產權這件事」。
農委會保證，各水利會現有工作人員工作權會獲得保障，現有2300名工作人員在原機關繼續進用，與未來派任至分署的公務員為雙軌制；組織改造後，農田水利署為3級機關，其分署長及副分署長均為事務官，由公務人員擔任，不會有政治操作的問題。
