環保署表示，補助必須用在計劃實施後，業者添購的「新品」，例如槽車、輸送管線、儲存收集槽等，且廢水轉換成能源的資源利用率必須達75%。大型畜牧業者如果只有蓋設備，沒有集運處理小型豬場廢水，不予補助。
環保署水保處專門委員魏文宜表示，這筆經費由地方政府申請，不論是能源業者或大型養豬戶自設沼氣發電，設置方都可和地方政府共同提報申請，最高補助金額達5000萬，其中有部分比例會由地方政府負擔，環保署最高補助上限是3500萬。
舉例來說，若某業者申請了5000萬補助，環保署和地方政府各補助3500萬和1500萬，分配比例依地方財力分級有所不同。
環保署署長李應元已通過補助方案，預計明後天下達到各地方政府生效，希望趕在8月底編列明年度預算前，收集各地案例，初步預估107年和108年度將投入2億元，集運處理4萬頭豬廢水，每年可發電200萬度，減少4萬公噸二氧化碳當量、有機污染物110萬公斤。
根據農委會統計，台灣每頭豬每日產出的廢水約30公升，全台一天就要處理 16 萬 4,886 公噸，一年高達 6,018 萬公噸，農委會配合行政院政策，設定今年要有100萬頭豬發電，2020年更提升至250萬頭，佔全國一半豬隻量，也就是每兩隻豬，就有一隻可以發電，經濟部也調整躉購費率，從每度3.9211元，提升到5.0087元。
不過能源業者評估，每場大約5、6000頭以上豬隻，才有投資發電機組的價值，有業者更直接表明，飼養5000頭以上才願意全額負擔發電機組費用，然而5000頭以上的養豬大戶在台灣是少數，僅佔台灣1.65%場數，養豬量佔22.95%，2000頭以下養豬場總共養了318萬頭豬，佔全台養豬量57.89％。
環保署水質保護處副處長劉瑞祥表示，沼氣發電設備不便宜，農委會主要是推動5000頭以上養豬戶沼氣發電，2000頭以下的小型養豬戶沒財力設置，環保署和農委會分工，鼓勵大型畜牧業者多收一些小型豬場廢水，「發揮大豬帶小豬作用。」
除了養豬廢水，環保署另補助集運小型養牛業者廢水，每收集50頭牛就補助100萬元。
由於經費有限，環保署將優先補助資源利用率較高者，劉瑞祥說，未來也將積極爭取經費，希望有效利用禽畜廢水資源。
