畜牧廢水若不當排放，不但污染環境更會觸法。畜試所為了讓畜牧廢水達到最高的使用效益，將發酵處理後的養牛廢水澆灌於盤固草與狼尾草農地，經推算每年可為農民節省約16萬元的肥料支出，且廢水發酵期間產生的沼氣，亦可做發電使用。畜試所正研究使用畜牧廢水澆灌對土壤及地下水的影響，與羊採食這些牧草後對食量及泌乳量的效益。
畜牧廢水處理3階段
李欣蓉說明，畜牧廢水要排放到河川或溝渠前，需經過3個階段的處理。首先必須將廢水固液分離，所濾出的糞渣加入稻殼、稻稈等調整材調整碳氮比，作為肥料使用，剩餘的廢水則排入厭氣池，利用厭氧發酵降低病原菌與蟲卵的數量，雜食性的豬所產生的廢水需要10天，而草食性的牛等動物則需5天發酵。經發酵處理後，含有機碳、氮、磷、鈣及微量元素的液體，即可作為氮肥施用於栽種作物上。
畜試所副研究員李欣蓉表示，為了解以養牛廢水做為肥料使用的效益，於台南市新化區建置35公頃的農牧循環示範區，栽種盤固草與狼尾草二種常見的芻料作物，發現若以狼尾草每年需氮量800公斤／公頃，與廢水含氮量800毫克／公升換算之下，狼尾草每年每公頃施灌養牛廢水，約可省下16萬元肥料成本。
畜試所目前正在研究長期使用農牧廢水對土壤與地下水的影響，以及做為肥料帶來的長期效益為何。未來，也將進一步研究以廢水施灌牧草，羊隻採食這些牧草後，對於泌乳羊隻的採食量、泌乳量與羊乳風味的影響，以提升農民使用農牧廢水作為肥料的意願。
畜牧廢水經發酵處理產生的沼氣 仍可供發電
由於廢水發酵會產生沼氣，為減少溫室氣體對環境的影響，並回收沼氣再利用，目前畜牧處輔導養豬場利用紅泥膠皮袋覆蓋在厭氣池上，蒐集沼氣提供發電，對於餵養2,000頭以上的養豬場產生的大量沼氣，則可售予台電做沼氣發電使用。
最後發酵後的廢水會排入到曝氣池，利用池底的活性泥分解有機物，待水中的酸鹼值、化學需氧量（水中的微生物將有機物分解成無機質所需的溶解氧量）、生物需氧量（檢出水中有機物量的多寡）、懸浮固體達到排放標準時，才會透過環保署許可的排放口排到溝渠或河川中。
畜牧廢水經回收處理後，可作為肥料使用。
