與農地工廠輔導有密切關係的「工廠管理輔導法」6日通過立法院經濟委員會初審，部分爭議條文仍待朝野協商。環保團體7日抗議指出，送出委員會的條文除了未解決「農地工廠就地合法」的問題外，民進黨立委林岱樺甚至提案刪除民眾檢舉條款，該條文送朝野協商處理，環團呼籲應保留民眾檢舉並增設公民訴訟。
工輔法多項修正條文按行政院版本由立法院經濟委員會初審通過，但草案28條之9「特定工廠允許現況經營」、草案28條之10「變更地目繳交回饋金」、草案28條之12「吹哨者條款」及草案28條之13「公民訴訟」等皆送朝野協商。
環境法律人協會秘書長林子琳表示，此次工輔法草案採取的特定工廠登記是延續原有的「臨時工廠登記」，但特定工廠登記沒有設定落日期限，違章工廠可以透過繳交回饋金，持續留在農地上經營；台灣農村陣線議題專員王章逸說，工輔法原本應以顧及農業為前提，藉此創造農地、產業發展雙贏的局面，但現在修法的目的卻只要違章工廠好。
地球公民基金會專員吳其融也說，以5月為例，截至7日為止就收到4封民眾寄來的陳情信函指出，有違章工廠在非工業用地上營運，基金會也發文給地方政府要求處理，但多個縣市政府仍未動起來，經濟部次長王美花6日卻說「草案中已有檢舉條文，不需納入公民訴訟」，林岱樺甚至提議要刪除檢舉條款，吳其融說，「即使有檢舉，地方政府不一定會行動，更何況沒有檢舉」，因此需要納入公民訴訟條款；環境權保障基金會執行長凃又文指出，公民告知及公民訴訟等條文在環境汙染法規中十分常見，正因為行政機關長期違法怠惰執行法令，人民才需要過司法救濟要求行政機關遵守法律。
主婦聯盟環境保護基金會倡議專員魏揚說，民間團體並非要求抹除這些農地違章工廠，而是要求政府應建立有效的機制去輔導這些工廠轉型、遷廠，以達產業與環境雙贏。
環團要求，在接下來朝野協商中，應在工輔法中明訂「特定工廠登記」落日期限；就地合法應明訂限於零星並與農業區相容的業別；工輔法應納入公民訴訟條款。
遭環團點名的林岱樺在臉書上發文指出，許多網友對她促成未登記工廠納管輔導的行為並不認同，她強調，不會對修法過程中工廠工安、污染的把關有一絲一毫的鬆懈，或許在時代標準不斷向前走的同時，部分的中小企業不慎落後了，但從過去到今日，它們仍然是撐起台灣經濟的重要支柱，請給工廠一個調整步調、與環境共存共榮的機會。
