雲林縣長張麗善日前投書指稱國土計畫農業發展地區的劃設將會限制雲林的發展機會，農業部今（2）日表示，《國土計畫法》是配合國家及地方發展需要，讓國土資源有效率、有秩序引導各項發展，農業部尊重各縣市政府劃設結果，但應依照縣市產業發展需求合理劃設，「才不會犧牲農民既有權益及享有未來農業資源的機會，卻換來一個不大可能實現的想像」。
農業部強調，國土計畫上路後，農業施政資源將集中投注在農業發展地區，除了農地賦稅優惠、三保一金、低利貸款等農民專屬的權益外，農業發展地區實際從事農業的農民，將享有更多的政府資源投入；農業部現正調整建構堆疊式給付制度，「未來農一的土地，一定會享有比目前更多的給付與資源」。
農業部表示，目前農地可以做農業生產及相關產銷設施使用，未來仍可依照國土計畫土地使用管制規則規定使用，並維持現行使用規模及量體，不會增加管制及犧牲農民權益。
農業部呼籲縣市政府依照產業發展需求劃設農業發展地區，如果沒有具體發展計畫卻將優良農地劃在農業發展地區以外的分區，或是將最優良的農地劃在農一以外，這是拿農民具體可享有的優惠與資源去換取一個讓農民不切實際的想像。依照當地農業經營條件，將最優良的農地劃在農一，才是最照顧農民的負責任態度與作法。
張麗善投書指稱，雲林縣農業區在國土計畫內占了全臺面積10分之1，導致其發展機會被扼殺，農業部表示，地方縣市因應產業及城鄉均衡發展需求，經評估發展條件皆俱足，即可有秩序、有計畫的劃設為城鄉發展地區，或配合每5年的國土計畫通盤檢討，調整為適當功能分區，以符合地方實際發展需要，並不會發生劃入農業發展區就永遠必須從農的事情。
內政部國土管理署昨天強調「畫餅無法解決問題」，國土署指出，農業發展地區的劃設，是由各縣市政府於第2階段依地區土地資源特性進行劃設後，並公告實施縣市國土計畫；目前第3階段也是地方政府依據前階段成果接續辦理，一切尊重在地發展需求，中央政府絕無限縮地方劃設權限。
國土署表示，未來地方政府仍具有「檢討變更」及「彈性規劃」的權利，張縣長一直強調的開發機會，只要縣市政府能提出具體可執行的計畫，中央不會反對；不管是現行都市或非都市土地開發的審議，都是依照這個原則進行審議討論，因此，「千萬不要錯把國土計畫當成畫餅的開發工具」。
