今年農曆年後，全球禽流感疫情蔓延，國內雞蛋生產不足，農業部辦理專案進口雞蛋彌補國內缺口，但近來遭部分人士質疑農業部補助上億元給進口商，農業部畜牧司今（31）日表示，專案進口雞蛋由農業部支應5.7億元預算，主要是補貼雞蛋到岸價格（CIF）與國內產地價格間的價差及關稅等費用，非補助進口商；到岸價格固然包含業者代辦進口的佣金在內，但業者報價經過比價，由最具價格競爭優勢者協助進口。
根據海關進出口統計資料，農業部畜牧司將總重量換算成雞蛋顆數，統計今年3月至7月間，專案進口雞蛋共約1億4,071萬顆，分別由台農發、超思等9家業者與中央畜產會協助進口，以投入5.7億元預算計算，平均每顆雞蛋投入成本約4元。進口商中以超思公司從巴西進口量8,814萬顆為最大宗。
畜牧司表示，專案進口雞蛋是透過中央畜產會或畜產會委託的進口商進口，畜產會以到岸價格向進口商取得雞蛋，再以國內產地價格（牌價）調度供給加工或洗選業者，到岸價與牌價間的差額，以及雞蛋關稅30%等費用由政府吸收。相關預算編列是依據「農業發展基金收支保管及運用辦法」第5條第1項第4款，農發基金用途包含「辦理農業產銷調節所需之支出」使用。
畜牧司副司長李宜謙指出，進口蛋到岸價格包含出口國當地蛋價、集運包裝、運輸費用，以及給進口業者的佣金，畜產會以到岸價買進雞蛋後，為抑制當時雞蛋價格遭黑市哄抬，因此以牌價賣給國內加工業者，以促使加工業者將原本要使用的國產生鮮雞蛋釋出給國內消費者；到岸價格比國內牌價高，其間價差就由政府吸收，以讓國內消費者可取得充足、平價的雞蛋，全民是最大得利者。
進口雞蛋代理商徵求條件分別考量到須可媒合到出口國的非疫生產場或有出口經驗（尤其日本、新加坡、香港）的出口商；可提出出口國官方開立符合規定的檢疫證明及衛生證明樣張；進口蛋到岸價格報價合理性；以及在3月底前可以訂第一筆訂單，以應急需等條件。
李宜謙說，專案進口雞蛋先前由經濟部國貿局及農業部分別在3月10日、14日舉辦召商說明會，分別有38家、25家業者參與，所有有意代辦雞蛋進口的進口商統一由中央畜產會篩選，畜產會將同樣雞蛋來源國的報價逐一比價，選出價格最具競爭優勢業者協助進口，可確保其獲得佣金應是合理利潤；協助進口業者要能找到雞蛋供應來源，能夠提出檢疫、衛生證明，若進口時相關邊境檢驗不合格，還須自行吸收退運銷毀等費用，因此也需有相當利潤鼓勵業者進口。
