日本政府預計2年後將福島第一核電廠的核廢水排入海洋，引起周邊國家環保團體的反彈，連日本漁民及消費者也無法認同。不過，我國的秋刀魚場就在北太平洋，相當靠近日本，若日本排放核廢水，應是首當其衝，農委會漁業署表示，若日本2年後排放核廢水，將增加檢測採樣點位及樣本因應，會確保遭到輻射污染的魚，不會進到國內來。
漁業署長張致盛表示，從2011年日本福島核災後，農委會對於沿近海及遠洋漁業海域的水體及漁獲均進行輻射污染的抽驗，迄今抽驗2千多件樣本都合格，去年抽驗件數為208件，主要抽驗魚種為秋刀魚，其餘洄游性魚類包括鯖魚、鬼頭刀、烏魚等也是抽驗對象，若日本排放核廢水，漁業署就會增加採樣點及採樣數量，至於增加樣本內容，將由水試所根據洋流盤點需求及量能。
「一定會確保國人食魚健康，若食用有安全上的疑慮，就會跨部會研議因應措施」，張致盛強調，「絕對不能有核污染的食材進到市場」。
衛福部食藥署在日本福島核災後，也對進口食品抽檢輻射污染，衛福部食藥署長吳秀梅表示，食藥署透過邊境查驗把關，迄今已檢測16萬6千多件，輻射污染檢測均合格，其中228件有微量輻射，雖然沒有不合格，但仍請廠商退運或銷燬。若相關條件改變，例如日本規劃2年後排放核廢水，食藥署將召開專家會議討論並檢視可能受到的影響。
吳秀梅同時表示，國籍漁船捕抓秋刀魚等洄游性魚類，也會特別留意，只要日方政策有變，食藥署就會討論是否維持現況或是加強其他管制。
中研院生物多樣性研究中心榮譽研究員邵廣昭指出，檢驗水產品時不只輻射污染要檢測，其他污染也希望能加強，日本雖然強調會稀釋核廢水至符合標準後再排放，即使如此，日本漁民及民眾也表示反對，希望有其他方法可以解決，但以目前科技技術看來有困難。
