去年年底開始，農委會開放白帶魚運搬船業務，但受COVID-19（武漢肺炎）疫情影響，農曆年後就告暫停，自去年12月至今年1月，僅航行18航次；今年白帶魚季9月即將展開，但疫情還沒過去，往返兩岸的運搬船工作人員依規定入境仍需14天居家檢疫，農委會漁業署向中央疫情指揮中心爭取實施應變措施，14天內仍需往返兩岸者，僅須進駐新竹區漁會設置的集中場所健康管理即可，不受14天居家檢疫限制。
漁業署公告《沿近海白帶魚產銷輔導及漁船運搬作辦法》修正內容，白帶魚運搬船的國內裝載港口原限定：基隆八斗子、新北澳底、野柳、宜蘭縣烏石、南方澳、新竹市新竹，以及臺中市梧棲漁港，但中央流行疫情指揮中心宣布大陸地區為旅遊疫情建議等級第三級警告地區時，即以新竹市新竹漁港為限；同時新增但書，白帶魚運搬船及漁業從事人員應遵守中央主管機關依中央流行疫情指揮中心指揮官指示，實施應變處置或措施，處置或措施另行公告。
漁業署漁政組解釋，農曆年後，業者基於防疫，主動暫停白帶魚運搬船作業，原本預定暫停至7月底，但考量即使恢復運搬，返國的船員還是得居家檢疫14天，人事成本太高，因此至今尚未恢復白帶魚運搬船的航次，現在都是透過貨運小三通，運銷白帶魚至中國大陸；業者希望比照養殖活漁運搬船模式，返國船員只要停留在港區或漁船上，不進入社區，即可不受居家檢疫14天的限制，漁業署已向中央流行疫情指揮中心提出相關應變措施，希望疫情指揮中心本週內能核定，以因應9月開始的白帶魚季。
去年年底開放冰鮮白帶魚以運搬船方式，運銷至中國大陸地區，受疫情影響，自去年12月至今年1月僅執行18航次即喊停，但並未對整體白帶魚輸銷中國大陸的數量，產生明顯阻礙，因為貨船走小三通的運輸管道並未受疫情影響。
108年全年外銷至中國大陸的白帶魚總量約1萬6千公噸，107年全年1萬3千多公噸，106年全年6千5百多公噸，近2年外銷白帶魚至中國大陸市場的數量，均是往年的2倍以上，今年上半年雖然大多數時間沒有運搬船，但白帶魚外銷中國大陸仍超過6千公噸。漁業署表示，白帶魚有無運搬船的差別在於鮮度與價格，以運搬船運輸可維持較好鮮度、能賣到較好價格。
