臺灣種子年出口值高達新臺幣78億元，是具有高度貿易價值的農產品，但新品種育成往往得耗時8到10年，且要投入很高的人力物力成本，農委會種苗改良繁殖場自106年起與民間種苗業者合作，推出「育種協作平台」，邀業者「參與式育種」，可大幅縮小育種規模、縮短4年左右的育種時間，並縮減育種成本達50%以上。
國內種子種苗產業具有國際競爭力，但由於公司規模小，面對國際跨國公司或市場當地區域型公司競爭，壓力很大；加上近年全球極端氣候變化加劇，市場對耐熱、耐旱、抗病蟲害等性狀新品種的需求也愈來愈強烈，更需要不斷推出新品種因應市場需求。種苗場推動的「育種協作平台」，讓民間業者持有的育種所需親本材料可共享，經由種苗場選拔出的品種可授權業者，讓各個業者都能拿到好品種去國際市場競爭，「形同組成種苗業的國家隊」。
種苗場的「育種協作平台」，是由業者提供育種所需親本材料，並讓業者參與選種，種苗場則給予技術協助，包括導入分子標誌技術及病害接種技術輔助育種選拔，以加速新品種的育成。番茄種子是臺灣出口種子第3大項目，年出口值達5.1億元，過去3年多，種苗場即透過「育種協作平台」的產研合作模式，完成2個番茄育種的成功案例。
種苗場副研究員張惠如表示，傳統育種需要經過一代一代田間選拔，歷經5至7代才能育成具有目標性狀的單株，種苗場透過分子標誌技術標定所需目標性狀基因，只要3、4代即可篩選出具抗病基因的番茄單株，較傳統育種縮短2、3代，可幫業者加速育成新品種；傳統育成1個品種需8至10年，運用分子標誌技術可縮減4年左右育種時間，育成新品種只要4至6年，且因分子標誌可聚焦所需性狀目標基因，大幅縮小育種規模，也可減少品種篩選、栽培管理所需人力物力成本達50%以上。
分子標誌技術輔助育種選拔，從苗期就可以進行篩選，不必等到田間種植，可免受氣候狀況、植株生長及病蟲害分布等環境因素干擾，種苗場自2008年投入番茄抗病基因分子標誌開發研究，迄今已完成包括番茄捲葉病毒、嵌紋病毒、斑點萎凋病毒等10種相關病害、共19個抗病基因分子標誌開發。
當種苗場篩選出具抗病性等優勢性狀的單株，種苗業者便可以其對市場的敏銳度，挑選出所需要的性狀品種。種苗場長張定霖指出，過去育種總是民間業者、公部門各做各的，各自擁有育種材料，「育種協作平台」有了業者參與式育種，種苗場除了可以不必自己收集育種材料，種苗場選拔出好的育種材料，可釋放給民間業者，參與業者也可互相流通育種材料，共同創造新品種，達成互利。
研究人員與業者至田間共同進行番茄品種選拔。（圖片提供／種苗改良繁殖場）
