好吃的馬鈴薯需要優良的種薯來栽培，目前國內有完整的馬鈴薯種薯培育制度，2016年種苗場推出健康種薯產品標示，實行至今已有8處農會及農產合作社加入、並通過防檢局的馬鈴薯種薯病害驗證，每年可產出約30萬公斤低染病率的種薯給農民栽培。不過，業者坦言，有無驗證對農民來說可能不是那麼重要，因為通過驗證的馬鈴薯不見得產量就比較高。
農委會種苗改良繁殖場繁殖技術課助理研究員王至正表示，馬鈴薯種薯培育會歷經4個世代：基本種、原原種、原種及採種，種苗場掌握的是「基本種」與「原原種」，固定申請檢驗的8處單位，擁有的種薯是「原種」及「採種」2個世代，原種會要求在網室中栽培、採種則可到田間種植。若申請檢驗，種苗場會定期到田區巡視，確保種薯的栽種情況，而通過檢疫的種薯，原種發病率會在3%以下、採種則在5%以下，因此農民可拿到染病風險較低的種薯，進行食用薯的栽培。
王至正說明，每年約生產30萬公斤通過驗證的種薯，約佔種薯供應量15-20%，比例偏低的原因，除了農民會自留種，還有國內馬鈴薯產業是契作型態，由盤商向農民提供種薯保證收購，因此各盤商都有自己培育的方法，未必會進入驗證制度，且通過驗證僅能保證種源無病毒，收穫多寡還是靠田區管理。
栽培基本種的業者吳哲宇坦言，雖然病害驗證的制度很好，現況中農民並不會把通過驗證設為購買種薯的必要條件，而是看盤商過去銷售的種薯在田間的產量來評估，也因為農民栽種時不會優先看驗證，盤商也不會特別送檢驗，但這不代表種薯的生產管理不符合標準。
不過，吳哲宇是認可種苗場對民間業者送驗「基本種」的檢驗程序，因為有透過實驗室取樣檢驗，就能精準地知道是否有病毒帶原，馬鈴薯是無性生殖，病毒有可能會透過代間傳遞到下一代，若是在最初階段有控管，對整個產業的發展是好的；另外，種苗場在供給「原原種」的管制上，也會每年針對不同業者調節數量，顯示是有在追蹤培育狀況。但在種苗場輔導的幾處培育「原種」及「採種」的監控上，吳哲宇對種苗場僅透過專家目測就判斷種薯有無病毒打上問號，因為病毒不見得會即時反應在外觀上，而是農民栽種過程中才會發現，也因此通過檢驗的種薯產量不一定增加，也就會影響農民與盤商對種薯驗證的評價。
