臺美貿易協定防檢疫談判部份達成共識，雙方針對豬肉與家禽兩項非關稅議題完成制度對接。其中，禽流感管制確定採「郡級」區域化管理，美方海外屬地如發生非洲豬瘟，則與本土豬肉進口採分區處理；此外，台灣鳳梨輸美檢疫程序已完成，正待美方儘速完成法令公告。
農業部防檢署署長杜麗華表示，本次談判重點集中在禽流感區域管制與非洲豬瘟風險管理。在禽流感管理部份，美方原本提出以案例場周邊10公里為管制範圍，但我方認為10公里並不好管理，極有可能跨越行政區域認定不清楚，因此要求以「郡」為管制範圍。以美國肉雞主要產地，德拉瓦州Sussex郡為例，其面積相當於北北基的1.2倍，若是該郡有雞場發生禽流感，則整個郡的雞肉都禁止進口到臺灣。杜麗華說：「這是比照日本的防疫標準，但比歐盟、加拿大還嚴格，因為他們是接受10公里為管制範圍。」
杜麗華說，美國是臺灣最大的種禽輸入國，「以2025年而言，種禽輸入為55批，美國即佔了25批，數量達45％。」而早在2022年4月時，當時因為蛋荒，臺灣就已經將美國的種禽、雛禽及受精蛋禽流感的管制範圍從州放寬為郡，以滿足當時國內需求。因此，這次雙方議定的禽流感管制範圍就能與先前對接上。杜麗華說，在禽流感的部份，美方也要提供我方監控通報，若是有疫情發生，我國政府會立即發布通告，自公告發布起該郡的家禽相關產品皆禁止輸台。
美方切割屬地，若屬地爆發非洲豬瘟不影響本土貿易
在豬肉部份，美方要求將海外兩個屬地波多黎各與維京群島列為緩衝區，杜麗華指出，「意指將美國本土與海外屬地視為兩個區塊，若是海外屬地爆發非洲豬瘟，也不影響美國本土的豬肉進口到臺灣。」
針對這點，我方予以同意，杜麗華說，到目前為止美國本土與海外這兩個屬地都沒有非洲豬瘟，且這兩個海外屬地距離美國本土長達1600公里，「再加上美國政府在2021年9月就已經發布聯邦命令，禁止波多黎各與維京群島兩地的活豬、豬精液及豬肉產品運往美國本土。」
美方的考量為，加勒比海地區如多明尼加、海地等都已爆發非洲豬瘟，波多黎各等地的確有爆發非洲豬瘟的可能性，因此其內部已經禁止兩處屬地的豬相關產品輸往本土，在國際貿易上也希望作切割，以免影響美國本土的豬相關出口貿易。
杜麗華說，目前臺灣並沒有從波多黎各與維京群島兩地進口任何豬相關產品。此次談判中雙方也達成共識，一是美國針對海外屬地與本土非洲豬瘟的監控資訊會即時提供予我方；同時，萬一該兩處屬地發生疫情，我方也將針對美國旅客、貨運、郵包等拉高查驗等級，加強邊境管制強度。
至於鳳梨輸美部份，2024年9月已完成所有檢疫談判程序，亦即美方同意台灣產「含有開英種 50% 以上」之鳳梨父系、母系品種，為非東方果實蠅寄主，包括金鑽、芒果鳳梨等主要品系皆在其內，經檢查確保無重大病蟲害，可免去燻蒸等殺蟲檢疫處理、全果出口。我方此次再度要求美方盡快進行法令公告，讓鳳梨可以真正進入美國市場。