農委會欲將農田水利會改制成公務機關，爭議最大的，莫過於如何處置上千億水利會資產，農委會雖表示，水利會事業及非事業用資產分別成立特種基金及公益性財團法人，專款專用在農田水利事業，但包括瑠公、七星、雲林等農田水利會都抗議，改制公務機關後，水利會資產形同充公；贊成者則認為，水利會資產有公益性質，本就該統一調度，用在全國水利設施上。
水利會資產來源多元，除了私人捐贈，也有部分是執政者強制徵收，到底水利會資產該如何運用、法制上有無侵佔民產疑慮，改制後農委會要如何分配基金？在討論之前，先來看看現有水利會資產有多少，用到什麼地方去了。
都市水利會收租金，抵鄉村水利會一年工程預算
根據農委會統計，全臺現有17個水利會，現金存款約679億元，但嚴重分配不均，第一名的瑠公農田水利會就佔了將近三分之一，約223億元，第二名的臺中農田水利會約94億，第三名則是桃園農田水利會約70億，四到六名分別是高雄農田水利會、彰化農田水利會、七星農田水利會，前六名加起來就有532億。
6個水利會佔全臺現金存款比例高達78.35％，其餘11個水利會存款只有147億，其中花蓮、臺東兩個水利會更分別只有4億存款，但這6個水利會的服務面積，只佔全國24.88％。
除了現金存款，更有價值的是水利會名下土地。水利會土地又分為「事業用地」和「非事業用地」，事業用地表示仍有水利功能，大部分鄉村水利會的土地都是此類，瑠公和七星則因都市化，轄內圳路、水利設施多半已無功能，報廢申請成非事業用地，興建大樓或做其他用途，財源自然相對寬裕。
都市型的水利會土地面積小，價值卻相當高，瑠公水利會灌溉範圍是基隆河以南，以及新北市新店、深坑、石碇、坪林，共466公頃，居所有水利會之末，但其中許多落在臺北市精華地段大安區，忠孝東路SOGO百貨就是瑠公水利會土地，每年光是收租金就進帳1億多元，跟花蓮農田水利會一年工程預算差不多。
同樣灌溉大臺北地區的七星農田水利會，服務範圍倒數第二，627公頃，水利會長周師文透露，一年要繳的地價稅、房屋稅達9千萬；臺中市一中街知名的補習班大樓，也是水利會土地。臺灣農田水利會聯合會長林文瑞曾估計，若計算水利會現金存款和土地、建築價值，全臺灣水利會資產達一兆。
瑠公農田水利會靠著Sogo租金，一年進帳至少一億，未來該如何處置水利會資產是農委會首要任務。
鄉村傳統型水利會，經費苦哈哈
反觀鄉村型的水利會，灌區面積大，存款少，嘉南農田水利會灌溉面積高達7.5萬公頃，是瑠公的160倍，所需人力多，地價又比都市型水利會低，扣除農委會補助，一年必須自籌4億元人事費，只能吃老本，運用剩餘款、清查土地變賣或出租，想辦法多角化經營。
1936年出生的顏瑞雲擔任嘉南農田水利會下溪洲水利小組長，長達40餘年，更身兼掌水工甚久。他無奈地說，許多圳路年久失修，每次跟站長、主任反應，都說修理費不夠，再等一下，「但你淹水一、兩年還可以，到五年都不修圳路，農民就跟你翻臉了。」
更讓顏瑞雲憂心的是掌水工後繼無人，高齡81歲的他，雖然仍身體硬朗、動作靈活，但總會退下掌水工作，而農村聘請雇工的日薪都已達一千多元，掌水工卻只有850元、24小時服務，未來恐怕難找到人接手，希望未來改制公務機關，農委會經費分配可以更平均。
嘉南農田水利會掌水工年紀大、薪資低，未來恐後繼無人。（攝影／余世芳）
過去水利會的營運會費由會員繳納，1994年起農委會全面補助，只有七星、瑠公水利會因財務富裕不需補助，近5年，農委會平均每年補助水利會55億，其中工程款27億，會費與其他營運改善計畫28億。
但這樣的經費對位處鄉村地區的水利會遠遠不足，舉例來說，南投農田水利每年的收入約3.8億，7至8成來自政府補助，總支出卻將近4億元，只能依靠變賣土地或出租大樓，維持水利會運作。
南投農田水利會長林庚辛語重心長地指出，灌溉圳路老舊是供水不足的大問題，境內圳路長達146萬多公尺，這些圳路都已經使用5、60年以上，時常需要維護及修繕，但是水利會經費不足以負擔圳路全面修繕，因此有將近4成的灌溉用水都從老舊圳路中消失。
宜蘭農田水利會長許南山也說，現行圳路改善經費不足，且年年變動，使得水利會沒辦法做長期圳路改善規劃，如果改制成公務機關後，每年經過審核，有法定預算，就可以做長期計劃改善圳路，不會因為經費不足綁手綁腳。
南投農田水利會圳路許多圳路都已經使用5、60年以上，時常需要維護及修繕，但因經費不足，將近4成灌溉用水都從老舊圳路中消失。（圖片提供／南投農田水利會）
七星、瑠公農田水利會：說沒做事對我們不公平
雖然都市型的水利會轄內農田不多，但瑠公農田水利會長林濟民表示，瑠公水利會不只服務自身會員，也共享資源，成立6個基金會，協助檢驗農藥殘留、推廣省水栽培，今年花了6千6百萬買實驗示範田，交給嘉南水利會處研究旱作灌溉，一年花6千萬協助金門淨化汙水噴灌，每年分享給社會的資源大約有1到2億，也繳了3億4千多萬地價稅給政府，「外界說我們沒做事對我們不公平。」
七星農田水利會長周師文也喊冤，現在沒有拿農委會一毛錢補助，水費、工程費都自籌，一年甚至還資助300萬，協助農委會推動雲林「黃金廊道」旱作栽培。
「五根手指頭本來就不一樣長」，周師文不諱言，臺北地價、租金比其他地區水利會高，但七星水利會也很努力經營、活化資產，「政府不能因為看你很賺，就把錢挪去營運不好的水利會，這樣對七星水利會員不公平。」他強調按照農委會法令，水利會即便有盈餘，員工也沒有分紅，都用在水利事業上。
桃園農田水利會小組長徐同權對改制也持觀望態度，「現在的問題，根本不必靠改制，政府現在就可以增加預算，補助經費不足的水利會。」
近萬名反對水利會改制者到立法院抗議，擔心未來水利會長、會務委員無法直接選舉，難以監督，大開民主倒車。
如何看待水利會資產分配不均？
都市型水利會因為資金雄厚，有些較窮困的水利會會寫計畫，請瑠公、七星水利會協助水利建設。一位水利會職員透露，水利會本身不該營利，若盈餘太多，長期累積會有問題，因此便資助其他地方水利會，把錢花掉。
不過這種各憑本事的分配方式，看在農委會眼中卻不甚公平，農委會副主委陳吉仲表示，水利會的資產部分來自私人捐贈，部分是政府投資的水利設施，部分則是奠基在這之上的收入，這些錢本來就該用在水利設施上，改制後這些資產成立基金，可平衡各地水利會發展，讓服務面積較少的都會型水利會資金，靈活運用到鄉村。
到底社會該如何看待這些因地價上漲而增值的水利會資產，需要更多領域專家的討論，嘉南農田水利會會長楊明風認為，有些水利會憂心改制後水原屬於全體會員所有的自有資產，不知被如何運用，既然農委會已承諾會成立專款專用的基金會來管理（按：本處所指的基金會按農委會說法應為成立專款專用的基金之意），何不也納入農民推派的代表或專家學長共同參與監督，減少疑慮。
專長研究農田水利的臺大生物環境系統工程系教授蘇明道則在媒體投書中指出，不管水利會是否改制為公務機關，立法將水利會的事業外資產分割出來管理並不是不可以。如果未來要成立基金或財團法人，應該明文規定其董事會之組成，政府代表不宜超過半數，且需派任現任文官或相關專業人員，以免又流於酬庸。
蘇明道認為，調配資源協助財困水利會也是可行的作法，財務健全的水利會也不會不同意，但是應該有原水利會會員代表的同意以維持公平正義。
