農委會日前預告農會法修正草案，其中新增由農委會指派專業理事進駐中華民國農會（簡稱全國農會）惹議，遭批違反人民團體自治精神，農委會主委陳吉仲今（17）表示，指派專業理事只限「全國農會」，而且專業理事是為了全國性的農業政策推動，完全不會影響選任的理事席次。
農委會15日預告農會法部分條文修正草案，修法重點除了參考公職人員選舉罷免法規定，對農會選舉賄選行為採二審終結、各審法院須6個月內審結的速審速決制度外，還賦予農委會在中華民國農會理事會中指派專業理事的職權，前臺南縣長蘇煥智批評農委會直接官派人員進入農會，違反人民團體基本自治精神。
陳吉仲今天到立法院經濟委員會報告「農業淨零排放現況、展望以及達成農業部門負碳排之可行性評估」，會前受訪時表示，有關外界質疑全國農會外派3分之1專業理事一事，日本與韓國都有此制度，而且只針對全國農會，其他縣市及鄉鎮區農會的理事組成並沒有調整。
陳吉仲強調，全國農會的業務龐大，農委會近期推動的農業保險、農民職災，退休儲金、產銷調節等，都需要更專業的學者專家協助，讓全國農會的功能更能發揮，且全國農會的資產有1百多億元，希望全國農會的資產應用更上軌道，這些改變都是為了讓整體農業可以邁步向前走。
立委陳亭妃質詢指出，專業理事是派在全國農會，是在中華民國農會理事會增派專業理事，既不影響選任理事席次，也跟各縣市鄉鎮區農會無關，卻遭人扭曲。
全國農會是指中華民國農會，不是全國302家農會，因此在農會法修正案中做修正，避免誤解，第6條農會分三級：鄉鎮市區農會、縣市農會及直轄市農會，以及中華民國農會。
陳吉仲表示，農會法修正文字是把全國農會正名為中華民國農會，是三級中的中央級，沒有針對縣市跟鄉鎮區農會，農委會對於農會法的修正不是突然拋出的議題，已跟許多鄉鎮區及縣市農會討論過。
