農委會農糧署南區分署去年10月26日查獲臺南市六甲區農會倉庫公糧有被移動、套換及短少情形，主動移送廉政署調查偵辦，確認短少公糧1,302.759公噸，遭到盜賣，損失金額達3,135萬2,992元，六甲農會已於今年1月17日完成繳款賠償。
農糧署於案發後，立即全面查核各地公糧庫存，並無發現類似情況，統計截至1月底，公糧庫存仍有近69萬公噸。臺南地方檢察署則從去年11月10日起，總計發動5波搜索行動調查，總計包括六甲農會許姓總幹事及公糧倉庫吳姓管理員在內等5人，因涉嫌侵占公有財物及故買贓物等罪，聲請羈押獲准。
去年農糧署南區分署稽查公糧倉庫，發現六甲農會所屬倉庫疑似有擅自挪動公糧導致短虧數量的情形，立即由分署政風室帶同吳姓倉庫管理員，前往廉政署南部地區調查組自首。
經查發現，吳姓管理員是從每袋公糧挖取少量米到預先準備的空袋中，再用劣質米填補數量短缺的米袋，等到盜挖公糧累積到2、30公噸，就以低於市價行情、每公噸1.8萬元，銷贓給特定碾米廠。根據南檢調查，包括多家碾米廠負責人及六甲農會許姓總幹事，涉嫌侵占公有財物及故買贓物。
農糧署表示，每次公糧進倉後，農糧署及各區分署即定期、不定期辦理各類型稽查，確保公糧安全；此案發生後，農糧署已盤點各區公糧管理潛在風險，同時要求公糧業者提報內控機制及管倉人員風險管理，避免相關情事再次發生。此案已進入司法偵辦程序，南區分署全力配合司法調查，提供相關資料，依法嚴厲追究。
