1945年8月15日，日本天皇宣布無條件投降，第二次世界大戰終告落幕，戰爭期間被派往南洋的台籍日本兵陸續歸鄉。其中，在新加坡集中營的水產專家郭啟彰、農業學者吳振輝，被安排1946年4月20日船期遣返。啟程前一天，兩人潛入日本帝國水產養殖場，撈取數百尾「帝士魚」（莫三鼻克品種）魚苗，準備帶回台灣繁殖。
不幸，裝著魚苗的珍貴水桶竟被台灣同鄉誤倒入水溝，緊急打撈之後，只搶救了20尾。
隔天上船，只剩16尾存活，從新加坡至基隆10天航程中，郭啟彰以自己配給到的生活用水為魚苗換水，細心照顧，輾轉回到高雄旗津老家時，只活存13尾 （5雄、8雌）。郭啟彰在旗津老家住屋旁挖了一個小魚池，將這13尾魚苗放養其中，三個月以後成功繁殖了 1,526尾。
隔年，郭啟彰繁殖近百萬尾魚苗，分別放養於嘉南大圳、麻豆埤、嘉義紅毛埤、恒春龍泉潭等處，因此「帝士魚」迅速繁殖分佈於台灣各地。1949年，為了感念兩人功績，台灣省政府農林廳正式發布將此魚命名為「吳郭魚」，開始推廣。
吳郭魚廣受喜愛，水產試驗所決定大量繁殖魚苗，提供農戶利用稻田養殖。1952年農復會編印《稻田養殖吳郭魚之技術》、《吳郭魚稻田養殖淺說》小冊，分發各地農會、漁會及養魚業者參考，該年度全臺放養吳郭魚稻田計3,032.8公頃，平均每公頃漁獲235公斤，但水稻則減產204公斤。
1953年，經濟部「漁業增產委員會」提出發展養殖漁業四年計畫：
- 充分利用全臺鹹淡水面積並推廣稻田養魚，以增加養殖面積。
- 改良養殖技術，加強魚苗飼料及肥料之供應，以提高單位面積產量。
1960年代政府推動農漁牧綜合經營取代稻田養魚，由於經營效果良好，吸引更多漁民養殖，吳郭魚產量因而逐漸增加。
1966年，水產試驗所從日本引進尼羅吳郭魚與原來的莫三鼻克種雜交，培育成快速、體型較大的「福壽魚」，經推廣後，成為1960年代農村重要的動物蛋白質來源。
1968年，水產試驗所鹿港分所長郭河先生選種，臺灣紅色吳郭魚雜交成功。1974年自以色列引進「歐利亞吳郭魚」，與雌性尼羅吳郭魚雜交，產生全面雄性的單性魚苗，大幅提高單位面積產量及經濟效益，吳郭魚逐漸成為臺灣最重要的養殖漁業之一。
