智慧農業不只是設施要到位，養殖品種的管控更是關鍵，聖鯛水產科技在水產試驗所智慧農業4.0補助經費挹注下，107年技轉水試所的基因鑑識技術，並設置簡易實驗室檢驗種魚的分子標記，將選育成功率提升到近乎100%，能夠有效管理場內保種魚品系以及商業種魚的性能培育，降低飼育成本。
「過去都是肉眼看、淘汰不適合的魚，以為選到金字塔頂的魚就沒問題，但不夠準確。」聖鯛水產科技董事長黃壹聖表示，在103年時聖鯛就技轉紅色吳郭魚TsR品系，藉由遺傳學造成的體色差異選育出需要的種魚，在幼魚時期就可以挑選出目標種魚，不必到成魚才看得出體長差異，可以達到95%的選育成功率。107年又再技轉基因鑑識技術，利用分子標記技術建立資料庫後，只要擷取組織就可以知道這條魚是不是目標的種魚，將選育的成功率提升到近乎100%。
協助聖鯛學習分子標記技術的水試所水產養殖組研究員曾福生表示，水試所約在3年前技轉6對海水吳郭魚TFS品系種魚給業者時，就先將該品系分子標記列為追蹤的項目之一，後續業者再將該品系後代與場內培育的其他種魚雜交，會剔除不適合的種魚，最後留下他們認為比較適合生產可販售的子代，水試所再追蹤這些可販售子代的養殖性狀，紀錄被認為業者被認為是好品種的分子標記，以後看到特定標記就知道是適合的，「分子標記像是身分證，因為這些魚是經濟性物種，我們要留下好的特徵，但外表的描述大家不見得一樣，如果有基因的協助，就可以比較客觀地判斷。」
曾福生說明，這些記錄下來的分子標記只是反映商業需求，不一定具備學術的特徵與定義，不過學術界就可以利用這些資料，進一步了解分子標記與養殖性狀之間的關係，也可以透過已經紀錄的分子標記持續追蹤技轉出去的魚種。此外，透過這些資料，當養殖戶反應選育或養殖問題時，研究人員就能與養殖戶有效地溝通，並提供協助，不會像過去一樣，養殖戶用一套自己的外觀辨識語彙，研究人員無從理解。
黃壹聖回憶過去在與研究人員溝通時，彼此都有一套對選育種魚的判斷用語，很難對接起來，現在透過分子標記技術就不會雞同鴨講，並且在小魚階段就可以操作，只要剪一段魚鰭，利用PCR的擴充技術，進行檢驗，就可以追蹤這條魚的血統，判斷牠長成後的特徵進行控管，節省飼育的成本，將選育的成功率提高到100%。
