日本及菲律賓5月28日發表聯合聲明，兩國決定在遵守相關國際法及《聯合國海洋法公約》前提下，啟動專屬經濟區（EEZ）及大陸礁層海洋邊界談判。農業部漁業署今（2）日表示，已知日本政府表示相關協議對第三國不具拘束力，日、菲雙方無意影響我國東部海域相關權益，但考量日、菲談判劃界海域與我國主張的專屬經濟海域高度重疊，我方將透過相關管道要求日、菲在談判過程中應考量此一事實，不應排除或損及我國權利與利益，並與我方進行協商。
我國距海岸線200浬的經濟海域（EEZ）與日、菲等國EEZ有所重疊，重疊區域大約在我國東部、八重山群島以南、巴丹群島以北海域，我國主要是延繩釣漁船在此作業，捕撈黑鮪魚、黃鰭鮪、旗魚、鬼頭刀及鯊類魚類。因黑潮沿菲律賓東岸北上流經此海域，漁業資源豐富。
我國外交部5月31日針對日、菲聯合聲明回應指出，日、菲雙方透過和平對話、遵循國際法規範以解決海事問題，與我國一貫立場一致，外交部對此予以肯定，並期待三方共同對區域和平穩定及維護海洋生態做出具體貢獻。
漁業署今日表示，我國漁民在我國主張的水域內享有正當且合法的作業權利，政府維護漁民海上作業權益與安全的立場始終堅定不變。基於「擱置爭議、共同開發」原則，我國已分別與日本及菲律賓簽署漁業相關協定，並建立常設協商機制，包括臺日漁業委員會及臺菲漁業執法合作協定技術工作小組，每年定期就漁業事務交換意見。
漁業署指出，未來將持續透過既有協商平臺，與日本及菲律賓就海事及漁業議題保持密切溝通，積極維護我國漁民作業權益與海上作業空間。並持續與海巡署保持緊密合作，加強相關海域巡護工作，落實護漁任務，作為漁民最堅實的後盾，確保我國漁船作業安全及合法權益。