農業部林業及自然保育署近年建置臺灣中大型哺乳動物長期監測網，截至去年底總計架設326臺紅外線自動相機，依據監測結果分析哺乳類族群變動趨勢，包括保育類的臺灣水鹿、黃喉貂及一般類的臺灣獼猴等，族群數量持續增長；臺灣黑熊雖尚需累積更多樣本數量，但也有增長跡象；但棲息淺山地區的石虎仍持續受到生存壓力，族群數量仍未回穩。
林業署自104年起委託屏東科技大學團隊於臺灣本島逐步系統性建立紅外線自動照相機長期監測網共191個樣點，108至109年於自然保護（留）區及野生動物重要棲息環境架設60處樣點，109至111年再針對黑熊再增設75處相機樣點，以此監測記錄中大型哺乳類的分布與生態資訊，以及各物種的族群變動趨勢。
林業署保育管理組組長羅尤娟表示，因108年以後新設樣點的紀錄尚不具「長期監測」代表性，因此林業署以104年起設置191個樣點資料作分析，包含保育類的臺灣水鹿、臺灣野山羊、黃喉貂，以及一般類的臺灣獼猴、山羌、臺灣野兔、黃鼠狼等族群數量均持續上升；保育類的臺灣穿山甲、麝香貓與一般類的臺灣野豬、白鼻心等則維持穩定。
羅尤娟指出，近年臺灣黑熊目擊紀錄頻傳，長期監測顯示近年紀錄到的次數比開始記錄前幾年增長，但不是每年穩定增加，還需累積更多樣本數才能在統計上確定其族群數量顯著上升，今年度將再針對有目擊紀錄或有排遺、抓痕等跡象點位新增監測相機；臺灣黑熊確有往淺山擴張跡象，林業署將強化人獸衝突管理，降低人熊衝突。
近年臺灣黑熊目擊紀錄頻傳。圖為嘉義林管處輔導嘉義縣鄒族獵人協會參與臺灣黑熊生態服務給付計畫，6月於阿里山特富野山域拍攝到臺灣黑熊。（圖片提供／林業署）
林業署雖然在南投地區執行的石虎族群密度監測計畫，顯示南投石虎族群穩定且密度有增加的趨勢，但長期監測網只在苗栗、南投及臺中3個縣巿的樣點拍攝到石虎，整體而言，族群數量仍尚未回穩。羅尤娟說，石虎主要分布在國有林事業區外、以丘陵及淺山農田為主，族群受到土地開發、滅鼠藥、路殺及遊蕩犬貓等多種壓力，林業署將持續以國土生態綠網計畫串聯棲地，並藉生態給付方案，鼓勵在地居民營造友善石虎農作及環境。
此外，依據監測資料分析與防檢署狂犬病監測結果，國內鼬獾自102年爆發狂犬病疫情，族群數量逐漸下降，但到107年疫情趨緩後，鼬獾數量也趨於穩定。臺灣獼猴在108年從保育類野生動物調整為一般類，長期監測其在臺灣北、中、南、東四個區域同樣都呈現數量顯著上升的情況，且東部的上升幅度更大。
羅尤娟說，由於目前長期監測設置相機點位大多位於國有森林，林業署後續將在國有林以外的全臺丘陵與平原地區廣設自動相機進行長期監測，擴大分析野生動物的長期族群變動趨勢，相關資料除可提供學術研究使用，也可供保育類野生動物名錄評估及擬定保育策略參考，以維護臺灣生物多樣性，但設置範圍、數量仍待屏科大專案團隊評估盤點。
