文、圖／ 茶及飲料作物改良場作物改良科助理研究員林祐瑩
茶及飲料作物改良場作物改良科研究員兼科長林金池
茶及飲料作物改良場作物改良科副研究員胡智益
茶及飲料作物改良場加工技術科副研究員劉千如
茶及飲料作物改良場場長蘇宗振
臺灣咖啡產業規模持續成長，近30年來從零星栽培擴張至上千公頃，產業鏈上的生產及加工持續精進下，臺灣咖啡的品質日益提升。放眼國際精品咖啡市場，「品種純度」是臺灣咖啡產業前進的下一步，為此，茶及飲料作物改良場透過分子標誌，開發「咖啡品種分子鑑定技術」，未來能強化源頭生產管理，並更精準地育種研發、保護品種權。
咖啡為三大嗜好料作物之一，隨著全球咖啡需求增加，栽培面積也持續成長。根據聯合國糧農組織（FAO）統計，過去30年來，全球咖啡栽培面積從1023萬公頃成長至1112萬公頃，且因農業技術改良、抗病品種的出現、化肥與灌溉系統的普及，咖啡單位面積的產量幾乎翻倍，全球咖啡產量從574.6萬公噸躍升至1116萬公噸。
全球咖啡產區集中在赤道南北緯25°之間的「咖啡帶」，非洲和中南美洲為傳統產區，1990年代中後期，越南大量種植羅布斯塔豆，使得亞洲產區快速崛起，如今與非洲、中南美洲並列全球三大產區，臺灣地處南北迴歸線間「咖啡帶」的北緣，具備種植潛力。
臺灣咖啡面積持續增加 接軌國際締造拍賣紀錄
依據農政單位統計，栽培面積已由1997年1.1公頃增至2024年的1,216.2公頃，主要栽培區域有屏東縣、南投縣、臺東縣以及嘉義縣。國內知名咖啡產區涵蓋不同緯度及海拔，例如：南投國姓、雲林古坑、嘉義阿里山，延伸至屏東、臺東及花蓮瑞穗等鄉鎮，多元栽培環境育出各具特色的風土。
然而臺灣咖啡產業亦面臨許多挑戰，包括經營規模偏小、颱風頻繁等氣候風險，以及咖啡果小蠹等病蟲害問題。其中，以人力成本偏高最為關鍵，從田間管理、人工採收至後製加工，都需大量人工投入，使整體生產成本居高不下，難以與國際大宗咖啡競爭。
在此背景下，隨著全球精品咖啡市場興起，消費趨勢逐漸轉向重視品種純度、產地來源與風味特色，臺灣咖啡產業也從「追求產量」，轉為「強調品質與特色」，朝向「高品質、精品化」的路線發展。近年來，茶改場為全面提升國產咖啡品質與市場競爭力，建立臺灣咖啡分類分級系統（Taiwan Coffee Assortment &Grading system，TCAGs）評鑑系統，並於2025年與農糧署盛大攜手舉辦「2025第二屆臺灣咖啡分類分級TCAGs評鑑活動」，共吸引來自全國13縣市、76位農友報名，參賽件數達102件。
賽事更邀請國際專家共同參與，以客觀的感官品評與分類分級制度為基礎，引導農民重視品種特性、栽培管理及後製技術，透過客觀的品鑑制度，將臺灣咖啡導入一條以品質為基礎、品牌為核心、市場為導向的發展道路，並促進國產精品咖啡與國際品質標準接軌。
國內常見阿拉比卡種混淆 茶改場建立分子鑑定技術
國際咖啡大致可分為阿拉比卡種（Coffea arabica L.）和羅布斯塔種（Coffea canephora L.），精品市場主流為阿拉比卡種，臺灣目前主要栽培的咖啡多屬阿拉比卡種。然而，臺灣咖啡多以種子繁殖為主，加上早期苗木來源多元，農民也常以實生苗進行補植，使得不同來源種子混合栽培的情形普遍存在。
儘管阿拉比卡咖啡屬自交作物，但在自然環境下仍可能發生天然雜交，造成品種間產生遺傳變異，進而衍生品種混淆、生長性狀不穩定及風味品質不一致等問題。此外，常見重要品種如鐵比卡（Typica）、波旁（Bourbon）及藝伎（Geisha）等重要品種的外觀差異有限，且容易受到環境與管理影響。
若僅依葉形或果實外觀判斷，準確性仍不足，一旦發生誤判，往往直接影響產品價值與市場信任。為解決品種混淆的問題，農業部茶及飲料作物改良場開發「咖啡品種分子鑑定技術」，透過SSR分子標誌（Molecular marker）的技術，分析作物中DNA的特定序列差異，用以提升品種鑑別之科學性與準確性。
SSR分子標誌技術流程為採集咖啡嫩葉樣本後萃取DNA，利用聚合酶鏈鎖反應（Polymerase Chain Reaction，簡稱PCR）擴增特定片段，經由毛細管電泳分析片段長度，透過比較不同樣本的指紋圖譜，可作為各個品種鑑定的依據。目前本場已建立11組具有鑑別力的分子標誌，可有效鑑別臺灣主要栽培品種，如藝伎（Geisha）、SL34、鐵皮卡（Typica）、波旁（Bourbon）。
品種鑑定幫助管理種原 強化育種與品種權保護
「咖啡品種分子鑑定技術」具有「快速、精準、不受環境影響」的優點，僅需少量樣本如種子或葉片即可偵測，在產業與研發上有多元應用價值，例如：品種鑑定與種原管理，可精準鑑別不同咖啡品種，避免品種混淆，並強化咖啡園經營管理，落實品種分區種植、採收及加工，以確保產區風味的一致性與穩定性。
當品種不再混淆，種源便可用於遺傳分析與育種，遺傳分析包含品種間的基因歧異度，輔助挑選出優良親本；除此之外，透過目標性狀與分子標誌的高度相關聯性，可以進行分子標誌輔助選拔（Marker-Assisted Selection，簡稱MAS），以加速新品種育成效率及提升咖啡育種的精準度。品種能夠快速且精確的鑑定後，亦有助於強化品種權保護機制，並提升鑑定的科學性與客觀性。
全球精品咖啡市場競爭日益激烈，品種純度與產地特色已成為關鍵競爭要素。導入分子鑑定技術不僅強化了鑑別效力，更有助於建立臺灣咖啡的產地特色與市場定位，也為臺灣精品咖啡走向國際市場奠定更穩固的基礎。茶及飲料作物改良場未來將持續整合分子標誌技術、栽培管理與風味評估等相關資料，建立完整的咖啡種原保存體系與資料庫。此外，透過跨領域合作與產業鏈整合，選育符合臺灣氣候條件的優良品種，同時強化產區特色表現，讓臺灣精品咖啡在國際市場上展現更鮮明的風土魅力。