近幾年文蛤養殖常因高溫與頻繁降雨等極端氣候造成大量死亡，農業部水產試驗所分析認為與養殖池水質及底質惡化有關，因此開發「分段養殖」技術，藉由增加一道種苗育成階段，將種苗養到每臺斤200至300粒規格再放養，縮短成蛤養殖時間到6個月，有助提升文蛤存活率1成，且因養殖期短，甚至可將生產模式調整為「一年二收」。
文蛤養殖是由繁殖場人工繁殖文蛤種苗，文蛤苗要再經過中間育成場，養到每臺斤1,200至1,500粒的「三分苗」與每臺斤500粒的種苗規格，再提供給一般養殖場放養到上市體型。水試所輔導育成場提供每臺斤200至300粒較大規格文蛤苗，或是由養殖場將購入「三分苗」養到每臺斤300粒以上的規格再放養，分段養殖，以縮短成蛤養殖期間，降低死亡風險。
水試所副研究員林志訓表示，極端天候會加速養殖池水質及底質惡化，文蛤傳統上在3、4月收成，因水溫升高，養殖池中的有機物及亞硝酸、阿摩尼亞濃度都會提高，在低氣壓下，池底的有機物也更容易溶入水中，一旦有文蛤死亡，細菌也更容易滋生擴散，造成大規模損失。
水試所研究團隊進行文蛤生長與環境條件實地採樣調查。（圖片提供／水試所）
每臺斤千粒至500粒規格種苗，依過往養殖方式，彰化、雲林等地區需養8至10個月才能上市，臺南地區甚至要養12至15個月，傳統上一年一收，養殖期長，文蛤因天候變化死亡的風險就高。林志訓表示，「分段養殖」成蛤養殖只要6個月，趁養殖池水質、底質未惡化前收成，生產模式還可改為「一年二收」，養殖戶可在3月放苗，在中秋節檔期的9月收成，9、10月間再放一批苗，在隔年氣溫還不高的1、2月收成。
水試所去年將此模式推廣到雲林地區4家示範養殖戶，養殖期間歷經4、5月氣溫快速回升、梅雨及丹娜絲颱風等氣候考驗，最終存活率仍達60%以上，比一般養殖模式存活率50%提升約1成，大約可為漁民增加每公頃15萬元收益，示範戶扣除生產成本後，平均淨收益達每公頃123萬元。