珊瑚生長速度緩慢，不適合漁業捕撈，農業部漁業署98年訂定「漁船兼珊瑚漁業管理辦法」納管，以維持既有經營規模的原則輔導珊瑚漁業，漁業署8日預告修正辦法，除了現有54艘珊瑚漁船，不開放其他漁船申請兼營珊瑚漁業，但老舊漁船可汰建新船，以兩艘舊船換一艘新船方式鼓勵漁船更新，並新增可申請兼營珊瑚漁業人員資格。
珊瑚多用於製作桌飾、飾品等用途，早期有較多漁民從事非法捕撈，漁業署因此在98年訂定「漁船兼珊瑚漁業管理辦法」納管，現今珊瑚漁業僅開放捕撈寶石珊瑚。國內漁業登記制度採「一主三兼」，每艘漁船可經營1項主漁業、3項兼營漁業，珊瑚漁業即是兼營漁業項目之一。
漁業署沿近海漁業署組長劉福昇指出，國內納管珊瑚漁業後即以維持既有規模的方式輔導，早年登記漁船有90多艘，目前僅剩54艘。我國僅開放96年底前即具有珊瑚採捕設備的列管業者從事珊瑚漁業，這次辦法修正鼓勵漁船更新，但以淘汰2艘舊船新建1艘新船為原則，逐步遞減珊瑚漁業規模。
經營珊瑚漁業人員資格過去限直系親屬及配偶可繼承，但因現況面臨漁家下一代不願接班的問題，這次修正也增訂在宜蘭、澎湖、高雄兼營珊瑚漁業漁船連續工作2年以上，且最近兩年出海日數每年90天以上的現任船員，可申請兼營珊瑚漁業。