新任農委會主委林聰賢一就職即遇到H5N6亞型高病原禽流感爆發，任職將滿一個月之際，林聰賢召開媒體茶會表示，這次防疫工作第一時間應變得宜，在疫情初期就地毯式抽驗、禁宰禁運圍堵住病毒，但也暴露出防疫基層人力不足，「地方公所裁減獸醫，或是把獸醫派去做動保業務。」等疫情告一段落會全面檢討這次防疫過程，調整人力結構。
2月6日農委會在花蓮玉里一死亡幼鴨身上，驗出台灣第一例H5N6亞型高病原禽流感，2天後前宜蘭縣長林聰賢即就任農委會主委，17日凌晨農委會祭出7天禁宰禁運措施，是有史以來最久紀錄，隨後只在花蓮鳳林兩肉鴨場驗出H5N6，目前全台累計11場、9例，共20起H5N6。
林聰賢今天下午跟媒體茶敘時表示，這次提前採取強制措施，的確成功阻斷病毒擴散，「不能像兩年前禽流感爆發到一定程度才禁宰禁運，只要移動減少，感染就減少。」
他指出，禁宰禁運期間，農民主動通報、送檢量增加很多，但不能說這次禽流感防疫成功，而是第一時間應變作為得宜。
不過這次防疫也暴露出基層防疫人才不足的問題，曾任新北市、台北市防疫所所長、前防檢局肉品檢查組組長林進忠先前就表示，鄉鎮公所裁撤公職獸醫、地方防疫所一半以上人力經費都花在安置流浪動物，防疫能量不足。
這次農委會規定五月底之前，所有鴨子都要有獸醫採檢、出示報告證明無禽流感病毒才能屠宰上市，地方政府也頻頻反映人力短缺。
林聰賢今天也主動提及防疫人力問題，管制家禽移動、要求地毯式抽檢後，才知道很多縣市沒有配置獸醫師，「地方公所裁減人力第一個都減獸醫師，或是把獸醫做動保用途。」他承諾，等防疫工作告一段落會再全面檢討人力結構，後續會持續跟地方溝通，全面性審視防疫人員不足問題。
