臺南市政府6月25日以抽籤決定今年度豬場升級補助名單，但擔心養豬場因疫情影響無法在今年度完成設施改善，向農委會爭取計畫展延至明年6月。農委會畜牧處長張經緯今（5）日表示，養豬產業百億基金為4年期計畫，基金預算無法跨年度保留，年底未完成核銷的預算都要繳回主計總處，建議地方政府在審查豬場升級計畫時應重視完工驗收時程，否則今年無法核銷的計畫延至明年，恐怕會影響明年度新計畫的額度。
臺南市政府指出，農委會今年5月核定臺南市「輔導養豬場轉型升級導入新式整合型設施計畫」，至6月15日截止申請，有94場養豬場申請，6月25日以抽籤方式正取47場養豬場，擔心受疫情影響，養豬場可能發生僱工不易、建材取得困難等問題，無法順利在今年11月前完成設施改善計畫，因此向農委會爭取將計畫展延至111年6月。
對於臺南市政府訴求，張經緯表示，養豬產業百億基金，是「基金」性質，基金預算跟一般公務預算不同，無法跨年度保留，因此今年無法核銷的預算只能繳回主計總處，如果地方政府將今年度的補助資格保留到明年，會影響到明年度的預算空間，舉例來說，若今年分配額度是2億元，但年底到期核銷的只有5千萬元，那麼1.5億元的預算就要繳回，無法保留到明年使用。
養豬產業百億基金為4年計畫，每年都有預算額度編列，若今年度無法核銷的養豬場升級計畫延至明年，預算就會用到明年的額度，則明年可以新申請的額度就會受到限制，若明年也是編列2億元預算，並將今年來不及核銷的1.5億元延至明年，明年新申請的預算額度將僅剩5千萬元。
張經緯說建議，補助名單比較適當的作法，應是先通盤掌握有意願升級豬舍的養豬場名單、計畫完成時程，依照各養豬場預定改善完工的期程安排補助年度較為適當。
對於中央建議務實安排養豬場升級計畫時程的建議，臺南市農業局畜牧科長張耀仁表示，養豬農戶希望申請到的補助能展期到明年，地方政府是將產業界的期待反映給中央，農業局將繼續與畜牧處協調找出更有利於養豬產業的方式，執行養豬場各項升級計畫。
轄區內養豬戶數最多的屏東縣，初審計畫時即以今年度能否完工為重要考量，屏東縣農業處長鄭永裕指出，縣政府初審原則，以期程今年底確定可以完工的申請案為優先，今年的申請案希望在今年12月31日前都能完成補助的核銷，除非是很特殊的、不可抗力的原因，才可能個案評估是否保留。
目前屏東縣完成初審的汙水防治及廢水處理有122場，畜舍設置高床的有20場，包括自動化省工在內設施補貼有10場，總計目前送至中央複審的有152場，後續將視畜牧場施設情形滾動修正，原則上今年通過補助申請的案件都要在今年底前完成核銷。
