種子的純度會影響田間的管理與產量，而傳統上在種子出售前會先試種一批種子，耗費幾週甚至幾個月的時間，觀察田間植株表現以確認種子的純度。
不過，種苗改良繁殖場指出，採分子標誌應用於作物的種子純度檢定上，在實驗室中即可測定一批種子或幼苗的純度，檢測結果至多一週內就能出爐，足以爭取最佳的出貨時效！
番茄SNP純度電泳圖。
種苗場表示，目前已針對國內幾項重要作物開發純度檢定用分子標誌，包括炎炎夏日解暑常吃的西瓜、國人喜歡的飯後點心——小番茄等雜交品種，以及番椒（辣椒及甜椒）、玉米、苦瓜等作物，可配合業者需求，技術移轉適合的標誌種類。
除了一般的水平電泳分析，也可搭配高通量儀器自動分析，達到準確、經濟、快速的檢測目的，協助業界強化種子生產品質控管，提昇臺灣種苗產業競爭力。
西瓜Real-time分析結果。
種苗場說明，許多蔬果的商業品種採用的是價格較貴的雜交一代種子，甚至以粒計價，因此對於純度的要求也較高。傳統以檢定田間植株表現的方式來評估種子純度，除了需要一定的調查株數外，也需達到一定的生長期（如開花期、結果期等）才能觀察，此過程要投入大量的時間與人力，也限制了種子（苗）的即時供銷。
而分子標誌檢測技術可在苗期或對種子進行檢測，完全不受田間氣候環境、病蟲害等因素干擾，不僅節省大面積田間栽培觀察所耗費的時間與成本，快速且準確地掌握種子純度品質，還可替種子產業爭取出貨時效並把握商機。
