受到米克拉颱風外圍環流及鋒面接近影響，今（25）日全臺降雨機率增加，花蓮萬里溪上游堰塞湖上午蓄水量超過100萬公噸，農業部林業及自然保育署發布黃色警戒，花蓮縣政府已針對保全對象啟動預防性疏散撤離，林業保育署表示，目前預估前後24小時累積雨量若達54毫米警戒值將發布紅色警戒。
萬里溪上游堰塞湖在21日發現，根據近日監測，堰塞湖壩高108公尺，預估最大蓄水量約420萬公噸。林業保育署署長林華慶今日於行政院會後報告堰塞湖監測與處置情形指出，截至昨日堰塞湖蓄水量78萬公噸，每日約增加20萬公噸，預計18天會會蓄滿溢流，但期間若有較大降雨會提前溢流，今日上午剛超過100萬公噸。
林業保育署模擬兩種災害情境，假設堰塞湖壩體因持續崩塌增高，蓄水量增加至600萬公噸且一次性潰決，台九線萬里溪橋水位可能接近一級警戒；若再料敵從寬、納入土砂運移影響，推估洪峰流量增大1.5倍，劃設可能影響範圍，林保署請花蓮縣政府依此範圍框定須保全住戶及設施，24日已完成萬榮鄉、鳳林鎮疏散撤離收容名冊共205人。
林華慶表示，因應中央氣象署今日調高東部雨量預測，林業保育署上午8時已發布黃色警戒，花蓮縣府須針對行動不便及弱勢族群辦理預防性疏散撤離；若堰塞湖因降雨情境溢流，林保署設定目前雨量警戒值為54毫米，當前24小時及未來24小時累積雨量可能超過警戒值，將發布紅色警戒、強制疏散避難。花蓮縣府與兩個鄉公所今日已啟動205人預防撤離，預計下午完成。
因鳳林超高壓變電所為花東地區重要供電設施，昨日萬里溪堰塞湖第3次跨機關應變會議中，台電公司表示，變電所若遇大水漫淹，將採取「攔水導流」方式，以沙包封堵通往開關場核心設備區的入口，引導水流改往台9線方向，以保全開關場安全、降低供電影響。若水流進入開關場造成設備受損或全廠停電，台電已訂定花東地區「全黑啟動機制」，將優先恢復花蓮地區重要用戶供電。