為提高洗選鮮蛋覆蓋率，農業部已預告指定一定規模以上連鎖餐飲、烘焙業、早餐店必須使用洗選鮮蛋，外界質疑可能提高雞蛋生產成本，帶動蛋價上漲。農業部部長陳駿季今（3）日表示，雞蛋洗選可能增加一些成本，但換算下來每顆只是幾毛錢，農業部不希望因此增加消費者負擔，農業部將會精算、將農業生產端大概增加多少成本的訊息提供外界了解。
農業部14日預告修正「指定洗選鮮蛋為應登錄溯源資訊之農產品與其應登錄之項目及標示方式」，增訂連鎖家數達30家以上的餐飲業、15家以上的烘焙業、50家以上的早餐店，或企業資本額達1,000萬元以上業者，須使用逐顆噴印標示、生產及流向資訊登錄溯源系統的洗選鮮蛋，預計7月1日正式實施。農業部初估約有330家公司、逾13,000間連鎖門市納入管理。
農業部強調，目前洗選蛋與未洗選蛋的價格差距有限，隨著洗選規模擴大及作業流程優化，相關物流與生產成本可望進一步下降。新制上路後，業者如未依規定詳實登錄洗選鮮蛋溯源資訊，或未完成逐顆噴印標示，將依《農產品生產及驗證管理法》規定，處6,000元以上、3萬元以下罰鍰，並得按次處罰。
陳駿季表示，農業部推動使用洗選蛋限一定規模以上的早餐店或連鎖加盟業者，且事前已跟很多連鎖加盟企業溝通過，業者都很樂意配合，因為使用洗選蛋更乾淨，廚師做早餐直接取蛋比較衛生，不像傳統籃蛋可能有些還有雞糞卡在上面；洗選蛋的特色是每一顆都可以追蹤到它的源頭，對全體的消費者食安多加一層保障。
農業部也將透過「畜禽產品冷鏈物流升級計畫」，補助蛋農及洗選業者改善洗選、冷藏及運輸設備，建構完善的冷鏈體系，讓雞蛋洗選後可以冷鏈儲存。陳駿季強調，除非是通過生食級認證雞蛋，不然即使是洗選蛋也不建議民眾生食，因為運輸過程仍可能遇到某些汙染。