針對去年9月23日發生的馬太鞍溪堰塞湖溢流洪災，花蓮縣政府昨（27）日發布10點聲明，指稱災害發生當下，「中央（農業部）未施放海嘯警報」、「錯失至少30分鐘的黃金疏散時間」，農業部林業及自然保育署今日表示，依「交通部中央氣象署海嘯資訊發布作業要點」，堰塞湖災害情境並不符合海嘯警報發布要件；另警政署防空警報系統過往也無用於堰塞湖警示的法制依據與實務前例，難以比照適用。
花蓮縣政府10點聲明指稱，災害發生前，中央未盡責實質輔導與整備，未「主動」擴大防災配置，呼籲檢調依法一視同仁查辦行政院。聲明中指出，花蓮縣政府由秘書長在（去年）8月11日等多次會議強調，當堰塞湖發生潰壩或重大溢流風險時，「農業部也必須《施放海嘯警報》」，以強化警示效果。但災害發生當下，中央未施放海嘯警報，導致民眾對災害嚴重性認知不足，錯失至少30分鐘的黃金疏散時間，「此一關鍵決策失誤，中央責無旁貸」。
林業保育署集水區治理組長劉忠憲表示，利用民防警報系統其實是林業保育署去年8月7日拜會花蓮縣政府時，建議地方消防或警政單位研議發布防空警報可行性，並在8月11日會議的簡報中建議發布海嘯警報，但因既有法源依據均不適用於堰塞湖災害預警，因此維持由中央發布紅、黃色「警戒」，未進一步討論到民防警報的發布方式。後續相關會議討論警戒機制未包括海嘯警報的發布，與會的地方政府代表並無意見。
因應堰塞湖災害，林業保育署已透過工作群組、傳真、公文通報單、細胞廣播簡訊、村里廣播系統及警察、消防廣播車等第一線且直接的管道，即時通知地方政府執行疏散撤離作業，實已發揮提前告警效果。林業保育署表示，最關鍵的防災對策在於落實事前疏散避難措施，否則即便施放海嘯警報，因為警報僅有聲音，沒有文字、語言，還是會有民眾無法意識警報意義或以為是防空警報演習，無法及時因應。
林業保育署表示，依現行法令及行政院核定的相關作業方案，撤離通報與執行本即由地方政府及鄉（鎮、市）公所負責，中央權責為提供警戒資訊、專業研判與必要支援，分工制度早已明確。
針對花蓮縣府重提去年8月13日立法院朝野協商、8月26日立法院質詢時，行政院長卓榮泰及農業部長陳駿季多次對外宣稱「無立即危險」、「10月底才會溢流」等訊息，嚴重影響地方與民眾誤判風險。
林業保育署也表示，陳駿季在立院的說明是因應8月楊柳颱風來襲，針對馬太鞍溪堰塞湖壩體在當時是否存在潰決風險所作的回應。當時經專業團隊評估，壩體短期內屬於穩定狀態，在未達滿水位溢流前，因水流沖刷而發生破壞的機率相對較低，並依當時監測資料顯示，堰塞湖蓄水量距離壩頂尚有約50公尺的高差，在那個時間點判斷確屬尚無立即潰決危險的情形，之後事實也可以佐證這個判斷。