番茄作物深受土壤傳播性病害「青枯病」所苦，因商用番茄品種缺乏強抗病能力，農民多透過以番茄做接穗、具抗病力的茄子作根砧的嫁接苗，維持番茄生產。然而，種苗業者生產番茄嫁接苗所用的抗病茄子根砧，常是自留種，種原抗病性有愈留愈弱化的現象，農業部種苗改良繁殖場提醒，茄砧抗病力非單一基因控制，是由多重位置基因疊加顯現，業者留種應建立核心種原。
國內育苗場或種子公司常用抗病茄子根砧材料，包括市售雜交一代品種如「鳳山3號」、「台南1號」，以及世界蔬菜中心（亞蔬）所選育的自交系EG195等，經種苗改良繁殖場進行青枯病人工接種試驗，接菌的「鳳山3號」、「台南1號」罹病率低於20%，EG195也低於15%，均有展現不錯的抗病性。
病原接種7日內，即可辨別茄砧材料抗病性表現。（圖片提供／種苗改良繁殖場）
種苗場副研究員周明燕表示，因茄砧抗病力來自多個位置的基因，自留種在未經篩選下繁殖，會讓抗病力愈趨分散、弱化；因此種苗場透過接菌試驗，從中篩選出不感病的無特定病原（SPF, Specific Pathogen Free）茄砧，並收集第二代種子，再以二代種子繁殖、接菌、篩選反覆操作，確保具抗性的基因能留下來，抗病力能疊加起來，以逐步建立具穩定抗性的核心種原。
周明燕說，從第二代種子所繁殖出茄砧進行接菌試驗，罹病率已明顯下降至10%以下，抗性優異品種罹病率甚至只有5%、6%，顯示自交種原純化的操作有助提升茄砧抗病性。
由於茄砧抗病力來自多個位置的基因，為了強化選育效率，種苗場也嘗試開發分子標誌技術，經分析國際文獻40組SSR標誌，篩選適用國內茄砧、可表現抗病或感病的SSR標誌emb01J19，初步探勘出2個具潛力的SNP（單核苷酸多態性）位點，未來將進一步設計適用於育種與種子檢測的選拔工具。