受到颱風丹娜絲及接續豪雨影響，中南部地區稻作災損嚴重，彰化縣、雲林縣、嘉義縣（市）及臺南市部分水稻田區出現倒伏、淹水與穗上發芽情形，稻作收穫困難或品質劣變，為了協助降低農民損失、妥善處理受損稻穀，農業部農糧署自7月9日起啟動災害穀收購措施，並自15日起推動剩餘量全數收購專案，收購災害穀後續全數供作飼料米用途。
農糧署災害穀收購依照「收購天然災害稻穀作業要點」辦理，除了今年一期作申報種稻，並符合公糧稻穀繳售資格的受災稻農可繳售受災稻穀外，未申報種稻農友，也可在各縣市公告期限內至各鄉（鎮、市、區）農會補辦申報手續。農糧署副署長黃昭興表示，考量彰、雲、嘉、南等受災縣市部分農民在一期稻作前會種植紅蘿蔔等前期作物，導致一期稻作收穫時間延遲，訂定災害穀收購期限彰化縣、雲林縣等地至25日截止，嘉義縣（市）及臺南市至31日截止。
災害穀收購依照公糧收購模式，一期作稉種災害穀計畫與輔導收購量總計5,800公斤，每公斤23.5元，餘糧收購量400公斤，每公斤20.6元；秈種及糯種災害稻榖價格也依公糧收購價格各減1元收購。並提供每公斤2元的烘乾、包裝與堆疊補助，協助農民減輕處理與運銷壓力，確保收益不落空。
農糧署副署長黃昭興表示，原本公糧收購稻穀每公頃6,200公斤上限數量以外的稻榖，農民要自尋民間糧商收購，因這次天災造成稻穀發芽、品質劣化，稻農剩餘數量稻穀勢將沒有糧商願意收購，因此農糧署15日啓動「剩餘量全數收購專案」，超出每公頃6,200公斤上限的剩餘稻穀，依各縣近五年單位產量平均加2成計算增列收購量，按照餘糧價格收購。
然而，各縣市部分受災水稻田區稻作已無收穫價值，農糧署也啟動清園專案輔導措施，提供每公頃5.5萬元清園補助，協助農民減少損失、儘速復耕。農民可於期限內備妥相關文件向土地所在地公所提出申請，以便及早完成殘株清除與整地作業，順利銜接二期稻作生產。