許多農民以為銷售自家生產的農產品免繳稅，但「石安效應」卻凸顯「自力耕作」或是「營利事業」的認定模糊，使部分有意擴大生產規模的農民擔心觸法。
因此，去年11月立法院三讀通過修正《農業發展條例》，未來若符合第47-1條，也就是向主管機關登記的獨資或合夥組織農場、農業合作社，銷售自行生產的初級農產品，在施行期間（2016年11月11日起5年）可享免徵營所稅緩衝期。
由於5月報稅季將至，農委會企劃處表示，希望趕在4月底前正式公告第47-1條子法中關於農場及農業合作社的登記資格、條件等，以及初級農產品品項，讓農民有所依循。（4月28日已訂定「農場及農業合作社申請免徵營利事業所得稅登記辦法」）
石安牧場爭議，引起農業是否應繳稅爭論
會有這次《農發條例》修正，主要源自石安牧場爭議。石安牧場在2000年登記為畜牧場，負責人原以為自己屬「自力耕作」範疇，不需繳營所稅，但財政部高雄國稅局實地探勘時，並不是根據登記的身分，而是依其組織型態、資金、場所、設備、人力規模、品牌建立及行銷、系統、專業等，認為有僱工且營運規模大，屬於營利事業，應比照企業繳稅，並追繳過去5年營所稅。
最高行政法院去年判決石安牧場需繳營所稅，引發什麼樣的農業需要繳稅討論，究竟是根據規模大小、身分，還是販售的農產品來決定？農委會企劃處表示，如果能定義出「自力耕作」和「營利事業」，就能清楚區分是否會被課稅，但農業經營的樣態眾多，要明確定義並不容易。
農委會企劃處副處長黃振德解釋，以往所謂的「農業免稅」，不是看經營規模大小和獲利程度，而是因農產品是民生必需品，農民生產和經營時易遭逢天災、疫病等高風險，可能有些年度獲利，有時卻血本無歸，所以只要符合《所得稅法》第14條第1項第6類，從事「自力耕作、漁、牧、林、礦」的收入，其成本及必要費用得100％扣除，可免繳個人綜合所得稅，相當於實質免稅。
然而，石安牧場一案顛覆許多農民的認知，為此，農委會開會多次討論增修《農發條例》第47-1條，並經立法院三讀通過。
黃振德說，現今農業競爭激烈且風險高，為了讓農民安心，並鼓勵提升產業競爭力，不要因購入自動化機械設備和擴大規模後，就擔心會被課稅，因此增訂《農發條例》第47-1條保障農民。根據該法向主管機關申請登記的農民與農民團體，該法施行期間5年內可享免稅優惠，在減免年限快到的前半年，行政院得再視實際推展情況，決定是否延長減免年限。
農場、農業合作社登記辦法及初級農產品定義，預計4月底前公告
除了已修正《農發條例》第47-1條母法，農委會也正研擬子法關於獨資或合夥組織農場、農業合作社的相關登記辦法，以及初級農產品品項，今年3月14日已預告訂定初級農產品，目前預告期已過，會將收到的意見彙整，與財政部研商最終公告版本。
農委會企劃處表示，這次預告訂定的初級農產品，是參考1995年沿用至今的《加值型及非加值型營業稅法》第8條第1項第19款「飼料及未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物、副產物；農、漁民銷售其收穫、捕獲之農、林、漁、牧產物、副產物」，採正面表列，也就是說，不在表上的就不屬於初級農產品。
預告期間，農委會企劃處收到各界意見，有農民反映，初級農產品品項和農場定義待釐清。
關於初級農產品品項，以漁產品為例，有農民建議，烏魚子和一夜干等醃製品是否可納入。另外，漁獲捕撈後經清洗、切割到販售，保鮮相當重要，但如果是採真空包裝冷藏、冷凍，是否屬於初級農產品？目前北中南國稅局查核標準不一。
初級農產品是否會考量再新增品項？黃振德說，目前財政部可能覺得原來的公告範圍經過長久運作，不一定會再同意新增，所以農委會還需要會同產業團體與財政部進一步溝通與討論，等確定後才正式公告。
至於畜產品爭議，農委會企劃處表示，畜禽精液、卵子、胚胎在2016年討論時，已同意放進初級農產品，但這次預告時遺漏，之後會在正式公告時補上。
另外，對於外界質疑「農場」定義不明，農委會企劃處表示，農場包含農林漁牧場和休閒農場。
現行有關農林漁牧場登記的規定包含《森林登記規則》、《漁業法》、《畜牧法》、《休閒農業輔導管理辦法》，農作類的農場雖然有《農場登記規則》，卻沒有法源依據，所以登記的農場很少，農糧署將來會研擬農糧類農場登記辦法。
黃振德說，目前還在研擬《農發條例》第47-1條中農場及農業合作社的登記資格，從業者只要有做以上登記，未來會考慮納入符合第47-1條的資格。
不過，對於石安牧場登記為畜牧場，並銷售自行生產的初級農產品洗選禽蛋，未來是否可被《農發條例》第47-1條保障，不用擔心被財政部認定規模大而需繳稅？目前財政部與農委會企劃處還無定論。黃振德表示不方便對個案回應，但如果農場在條例生效後，條件都符合，也有向農委會登記，就有資格跟國稅局申請免徵營所稅。